В наши дни в соответствии с древнейшими традициями в восточной стене алтаря с внешней стороны храма устраивается полукружие — абсида. Посредине алтаря помещается святой престол. Вплотную к середине абсида алтаря против престола сооружается возвышение. В кафедральных архиерейских соборах и во многих приходских храмах на этом месте стоит кресло для епископа, как знамение престола (трона), на котором невидимо восседает Вседержитель. В приходских храмах, в полукружии абсиды, возвышения и кресла может и не быть, но в любом случае это место является знамением того Небесного Престола, на котором незримо присутствует Господь, и называется поэтому Горнее место. В больших храмах и кафедральных соборах соответственно алтарной абсиде вокруг Горнего места полукружием расположены скамьи для духовенства, сослужащего епископу. Горнему месту обязательно кадят во время богослужений; проходя кланяются, осеняя себя крестным знамением; на Горнем месте непременно возжигается свеча или лампада. Прямо перед Горним местом позади престола помещается обычно семисвечник, который в древности был подсвечником для семи свечей, а ныне чаще всего является разветвленным на семь ветвей от одного высокого столпа светильником, в котором находятся семь лампад, возжигаемых при богослужении. Это соответствует Откровению Иоанна Богослова, видевшего на этом месте семь золотых светильников. Справа от Горнего места и слева от престола расположен жертвенник, на котором совершается проскомидия. Около него обычно стоит стол для поданных верующими просфор и записок с именами людей "о здравии” и "о упокоении". Справа от престола, чаще всего в отдельном помещении, располагается сосудохранилище и ризница, где хранятся в небогослужебное время священные сосуды, облачение духовенства. Иногда ризница может находиться в отдельном от алтаря помещении. Но в таком случае, справа от престола всегда имеется стол, на который полагаются ризы священнослужителей, приготовленные для богослужения. По сторонам семисвечника, с северной и южной сторон престола, принято поставлять на древках выносную икону Божией Матери (с северной стороны) и Крест с образом Распятия Христова (с южной). Справа или слева от престола помещается умывальник для омовения рук священнослужителей перед литургией и омовения уст после нее и место, где возжигается кадило. Перед престолом, у южных дверей алтаря, принято ставить кресло для епископа. Алтарь, как правило, имеет три окна, знаменующих несозданный троический свет Божества, или два раза по три (вверху и внизу), или три вверху и два внизу (в честь двух естеств Господа Иисуса Христа), или четыре (во имя Четвероевангелия). Алтарь по причине совершаемого в нем таинства Евхаристии как бы повторяет собою ту прибранную, устланную готовую горницу, где состоялась Тайная вечеря, постольку и в наши дни он содержится в особенной чистоте, устилается коврами, по возможности всячески благоукрашается.
В православном Типиконе и Служебнике, алтарь часто называется святилищем. Это, как полагают, происходит оттого, что древние учители Церкви часто именовали алтарь ветхозаветным названием Святая Святых. Действительно, Святая Святых Моисеевой скинии и Соломонова храма, как хранившие в себе ковчег Завета и другие великие святыни, духовно прообразуют собою христианский алтарь, где происходит величайшее таинство Завета Нового — Евхаристия, хранятся в дарохранительнице Тело и Кровь Христовы. Трехчастное деление православного храма также соответствует делению скинии и храма Иерусалимского. Напоминание об этом содержится у апостола Павла в Послании к евреям (9,1-12). Но апостол Павел лишь в кратких словах говорит об устройстве скинии, замечая, что об этом не нужно теперь говорить подробно, и поясняет, что скиния есть образ настоящего времени, когда Христос, Первосвященник будущих благ, придя с большею и совершеннейшею скиниею, нерукотворенною, то есть не такового устроения, и не с кровью козлов и тельцов, но со своею Кровью, однажды вошел во святилище и приобрел вечное искупление". Таким образом, то, что в Святая Святых ветхозаветного храма, иудейский первосвященник входил только один раз в год, прообразовало собою единократность Искупительного Подвига Христа Спасителя. Апостол Павел подчеркивает, что новая скиния — Сам Господь Иисус Христос — не так устроена, как древняя.
Новый Завет, следовательно, не должен был повторять устройства ветхозаветной скинии. Поэтому в трехчастном делении православного храма и в названии алтаря Святая Святых не следует видеть простого подражания Моисеевой скинии и Соломонову храму.