Документальные же свидетельства о раннем этапе японской истории скупы. Китайская хроника III в. упоминает о существовании на Японских островах царства Яматай. О том, где находилось это царство, историки спорят и по сей день. Одни утверждают, что оно было на острове Кюсю, где потомки Аматэрасу впервые снизошли на землю. Другие же считают, что центр власти в те давние времена уже переместился на остров Хонсю, где по столь редкой для гористой Японии равнине кочевал впоследствии царский двор, меняя свое местопребывание после смерти очередного владыки. Эта местность, называемая Ямато, находилась почти точно посередине западной части острова Хонсю и примерно соответствует нынешним границам современной префектуры Нара. Здесь же впоследствии и была основана первая постоянная столица Японии с тем же названием — Нара. Северо-восточная же часть острова Хонсю и весь остров Хоккайдо долгое время находились вне контроля Ямато, и обитавшие здесь племена айну, которых называли тогда эмису или эбису, оказывали упорное сопротивление. Двор владетелей Ямато посылал военные экспедиции против «варваров», начальник которых именовался сэйи тай сёгун — "великий генерал, покоряющий эмису". Именно отсюда берет свое происхождение титул военных правителей Японии — сёгун ("генерал"). Сёгуны, узурпировав власть императора, правили Японией почти семьсот лет — с XII в. по 60-е гг. XIX в. Действуя первоначально на северо-востоке Хонсю, военные правители Японии и места для своих столиц выбирали поближе к полям сражений. Это касается и деревушки Камакура («Сарай для серпов»), выбранной первым кланом сёгунов Минамото в качестве своей полевой ставки — бакуфу, и последнего сёгунского клана Токугава, обосновавшегося в Эдо («Поселение у гавани»), которое впоследствии, после возвращения императору полноты власти в 1868 г., было переименовано в Токио («Восточная столица»), по контрасту с таким же незамысловатым названием старого императорского города — Киото («Стольный град»).
Совершив этот краткий историко-географический экскурс, вернемся к темам японской мифологии, предварив их, однако, еще и таким замечанием. Любая власть нуждается в идеологическом обосновании своих претензий на правление. По выражению современного философа Юргена Хабермаса, она нуждается в «камуфлирующих словах», прикрывающих такое простое и понятное человеческое желание повелевать. Раньше в основном ссылались на Бога («помазанник Божий», или «сын Неба»), теперь — на волю народа («всенародно избранный президент»). Конечно, можно править, опираясь и на грубую неприкрытую военную силу, но такое правление, как показывает опыт истории, не является долговечным. Поэтому каждая власть ищет то слово (идеологию, говоря современным языком), которое убедит подданных в ее праве на власть. И это справедливо для всех эпох и народов. Более того, там, где «камуфлирующие слова» власти перестают убеждать подданных, она вынуждена уступить место другой силе.