На следующий день, 25 июня, все узнали, что подписание состоялось, а преемником Иэсада выбран двенадцатилетний Токугава Ёситоми из Кисю. Мальчик переехал в Западную усадьбу замка, а после смерти тринадцатого сёгуна сменил имя на Иэмоти и в октябре того же года вступил в должность. Его личным опекуном стал тридцатилетний глава дома Таясу Токугава Ёсиёри (1828–1876).
Оба ключевых вопроса – подписание договора и выбор преемника – решились не в пользу оппонентов правительства, и это вызвало взрыв недовольства. Перспектива теперь уже реального открытия страны для «иностранных варваров», нераспространение на них японских законов, свободный ввоз американской валюты – всё это грозило разрушить вековой порядок и погрузить страну в хаос. По условиям соглашения обмен ратификационными грамотами должен был состояться в Вашингтоне, и это тоже задевало самолюбие воинской элиты: разве Япония является вассалом США, чтобы ехать на аудиенцию к их правителю?
Недовольство наступлением иностранцев и действиями правительства привлекло ещё большее внимание противников открытия страны к фигуре императора и сделало его центром сопротивления, а тот факт, что
Вслед за США аналогичные торговые соглашения с Японией подписали Голландия, Россия и Великобритания (июль 1858 года), а через два месяца и Франция. Позднее такие же договоры были заключены с Португалией, Бельгией, Швейцарией, Италией, Данией и другими европейскими странами. Открытие страны пагубно сказалось на внутреннем финансовом рынке. В Японии соотношение стоимости золота и серебра составляло один к десяти, а в западных странах – один к пятнадцати. Зарубежные торговцы начали массово вывозить золотые монеты и изделия и продавать их на западных рынках, что усугубило нехватку платёжных средств внутри страны. Чтобы предотвратить утечку золота, правительство в 1860 году объявило очередную денежную реформу и в три раза снизило его содержание в монетах. Реформа продолжалась ещё семь лет; за это время были изъяты из обращения и переплавлены сотни тысяч золотых монет.
Через два месяца после подписания договора с США император Комэй нанёс правительству ответный удар, издав гневный указ (
Усмотрев в действиях императора нарушение кодекса Бусидо и вмешательство в дела правительства, Ии Наосукэ перешёл в атаку. Отправив в Киото своего представителя, он отменил указ об увольнении Кудзё Хисатада и восстановил его в должности, а затем взялся за своих противников в Эдо. Князьям Токугава Нариаки из Мито, Токугава Ёсикацу из Овари, Ямаути Тоёсигэ из Тоса, Мацудайра Сюнгаку из Фукуи и Датэ Мунэнари из Увадзима было приказано уйти со всех постов и заключить себя под домашний арест, а Хитоцубаси Ёсинобу и его старшему брату Ёсиацу запрещено появляться в замке Эдо. Различным административным наказаниям подверглись также чиновники, которые поддерживали контакт с оппозиционерами или разделяли их взгляды, в том числе такие высокопоставленные, как Кавадзи Тосиакира, Нагаи Наоюки, Ивасэ Таданари и др.
Преследование противников