Седьмого января новое правительство объявило сёгуна врагом императорского дома и издало указ о военном походе против него. Гарнизон замка Осака, главного опорного пункта бакуфу
в западной части страны, оставил крепость, и 9 января в него вошли ополченцы княжества Тёсю. Киото и Осака, главные города на западе страны, перешли под контроль новой власти. В течение следующей недели все западные княжества, а также Овари и Кувана, бывшие сторонники бакуфу, признали новое правительство. В конце января послы западных стран сделали официальные заявления, что не будут вмешиваться во внутренний конфликт.Вернувшись в Эдо, Ёсинобу поселился не в замке, а в городской усадьбе Хитоцубаси. Его поспешный отъезд из Осака ещё не означал капитуляции; окончательное решение он хотел принять в своём городе, среди единомышленников, а не на враждебном западе. Несмотря на военную неудачу под Киото, в руководстве бакуфу
доминировал боевой настрой. Министр финансов Огури Тадамаса, командующий сухопутной армией Отори Кэйсукэ и министр флота Эномото Такэаки задавали тон в настроениях чиновников, призывавших Ёсинобу не сдаваться и проучить новоявленных самозванцев. Пятнадцатого января сёгун уволил самого активного «ястреба», министра финансов Огури. Он явно колебался и раздумывал. В письме Мацудайра Сюнгаку от 17 января Ёсинобу объяснял поражение в Киото вероломством нападения противника и осуждал указ от 9 декабря, называя его необдуманным и чрезмерным (Исии, 1974).Во второй половине месяца он ещё трижды – 19, 26 и 27 января – встречался с послом Франции и обсуждал с ним ситуацию. Ёсинобу говорил, что считает своей обязанностью защищать имущественные права династии Токугава и готов делать это до последнего. С учётом того, что восточная часть страны оставалась под контролем бакуфу
, Леон Роше предложил провести разграничительную линию в районе Сумпу и укрепить её верными частями; это давало шанс на сохранение земельных владений. Одновременно с этим он рекомендовал убрать из правительства всех «ястребов» и назначить на ключевые должности умеренных политиков, чтобы показать, что он не претендует на контроль над всей страной и готов довольствоваться её восточной частью. В этом случае французский посол обещал сёгуну своё посредничество на переговорах с Киото и уход в отставку на приемлемых условиях.
Сайго Такамори
Ёсинобу частично последовал этим советам, назначив руководителями бакуфу
умеренных политиков Кацу Кайсю и Окубо Тадахиро. Однако переговоры Леона Роше с руководителями нового правительства провалились: они потребовали от сёгуна безоговорочной капитуляции и ликвидации бакуфу. Поручив Кацу и Окубо договориться с Киото о предотвращении гражданской войны, Ёсинобу принял окончательное решение. Пятого февраля в письме на имя Мацудайра Сюнгаку он сообщил, что оставляет свой пост, не выдвигая никаких условий, и заключает себя под домашний арест. Двенадцатого февраля он переехал из городской усадьбы в храм Канъэй, где находилась одна из двух семейных усыпальниц Токугава.В начале февраля новое правительство объявило, что начинает военный поход против бакуфу
. Звание сэйи тайсёгун и ритуальный меч от императора получил принц Арисугаваномия, а командующим операцией был назначен Сайго Такамори. Девятого февраля императорская армия выступила из Киото и двинулась на восток.Узнав о решении Ёсинобу, несколько политиков обратились к императору с просьбой сохранить династию Токугава и жизнь последнего сёгуна. Все ключевые вопросы текущего момента решались на переговорах Сайго Такамори и Кацу Кайсю. Они продолжались два дня, 13 и 14 марта. Стороны договорились о предотвращении гражданской войны и мирной передаче замка Эдо. Новое правительство гарантировало Ёсинобу личную безопасность при условии, что он останется под домашним арестом и будет отбывать его не в Эдо, а в родовом замке Мито в провинции Хитати (современная префектура Ибараки). От него также потребовали уйти с поста главы правящей семейной ветви. Важную роль в судьбе отставного сёгуна сыграл британский посол Гарри Паркс, заявивший, что жестокость по отношению к политическим оппонентам может подорвать доверие западных стран к новому правительству и осложнить дальнейшее сотрудничество. Умеренные политики в Киото также говорили о том, что нельзя полностью перечёркивать всю историю сёгуната и напоминали о заслугах отца Ёсинобу в деле обновления страны.