На это великий князь отвечал им: «Государство наше таково: вечевому колоколу в Новгороде не быть, посаднику не быть, а государство все нам держать; волостями, селами нам владеть, как владеем в низовой земле, чтобы было на чем нам быть в нашей отчине, а которые земли наши за вами, и вы их нам отдайте; воевод не бойтесь, в боярские вотчины не вступаемся, а суду быть по старине, как в земле суд стоит».
После шести дней размышления новгородцы объявили, что согласны на снятие колокола и уничтожение посадника, но просят не выводить их в низовую землю и не звать туда на службу. Иоанн их всем этим пожаловал. Тогда послы просили написать об этом договор, с тем чтобы обе стороны целовали на нем крест. Но им объявили, что великий князь не станет целовать креста своим подданным.
«Пусть бояре поцелуют крест», – просили послы, но получили тоже отказ. Отказано было им и в целовании креста со стороны великокняжеского наместника.
После этого новгородцы должны были присягнуть на полное подданство московскому великому князю. Иоанн же, определив, что он будет брать по полугривне с сохи в год, и оказав многие льготы владыке и бедным монастырям, выехал 5 февраля 1478 года в Москву, оставив в Новгороде своих наместников – князей Стригу и Ярослава Оболенских. Перед отъездом он велел схватить главных крамольников: Марфу Борецкую с внуком Василием Феодоровичем и еще шесть новгородцев и отвести их в Москву. Вслед за Иоанном отправили в Москву и вечевой колокол. «И вознесли его на колокольницу, – говорит летописец, – с прочими колоколами звонити».
Так закончилось вольное существование Великого Новгорода. Конечно, многие из его граждан не скоро могли забыть независимое житье и неоднократно заводили крамолу. Но Иоанн твердо подавлял ее своей властной рукой. В 1480 году, узнав о сношениях крамольных новгородцев с Казимиром и с немцами и о том, что в городе заводятся старые порядки, он подошел к нему со своими полками и пушками заставил отворить себе ворота. Затем все заговорщики были строго наказаны во главе с владыкой Феофилом: его взяли под стражу и отослали в московский Чудов монастырь, 100 главных крамольников были преданы смертной казни, а 100 семей детей боярских и купцов переведено по низовым городам.
В 1481 году было опять схвачено четверо новгородских бояр, а затем 30 человек приговорено к смертной казни по поклепу друг на друга в сношениях с польским королем, но когда они перед виселицей стали каяться в этих поклепах, то Иоанн даровал им жизнь.
В 1487 году пришлось перевести из Новгорода во Владимир на Клязьме 50 семей лучших купцов и, наконец, в 1488 году перевели из Новгорода в Москву больше 7 тысяч житьих людей за то, что они хотели убить великокняжеского наместника. Их расселили по разным городам Московского княжества, а на их место были посланы в Новгород – из Москвы и других низовых городов – дети боярские и купцы. Эта мера оказалась самой действенной для окончательного приведения Новгорода под власть Москвы.
Во время описанных событий в Великом Новгороде Иоанн был деятельно занят также и многими другими важными делами. В числе их было и заключение нового брака.
В 1467 году скончалась его первая жена – великая княгиня Мария Борисовна, с коей он был обручен в Твери отцом своим Василием Темным, будучи еще маленьким мальчиком. От этой первой жены остался сын – Иван Молодой, которого государь, по примеру Василия Темного, назвал также великим князем с целью отнять у братьев своих всякий предлог к предъявлению старых прав старшинства перед племянником, причем все грамоты писались от обоих великих князей.
Вдовый 27-летний Иоанн Московский был, конечно, для всех весьма завидным женихом. Но особенные виды питались на него в Риме папой Павлом II. Дело в том, что в это время жила в Риме родная племянница последнего царьградского царя Константина Палеолога, убитого при взятии турками Константинополя, дочь его брата Фомы – София. София Фоминична была воспитана в правилах Флорентийской унии, и папа, уверенный, что она благоприятствует латинству, решил посватать ее за Иоанна Васильевича, с тем чтобы при ее посредстве приобщить к унии и Московское государство.