Во время Гражданской войны — начальник особых отделов 11-й и 27-й дивизий и руководящий работник Особого отдела фронта. Сразу же после войны — командир Полоцкого пограничного отряда на западной границе. Затем начальник Витебского и Смоленского губернских отделов ОГПУ. После этого перевод в аппарат Белорусского округа. В 1927 году — заместитель, а затем начальник Особого отдела округа. В 1930 году он уже заместитель председателя ГПУ Белоруссии. С этой должности до рекомендации ЦК партии был направлен в том же году на должность Полпреда ОГПУ Восточно-Сибирского края и командующего пограничными и внутренними войсками Восточно-Сибирского округа. Было ему в это время 36 лет. На этом посту Зирнис работал до лета 1937 года. Два ордена Красного Знамени, орден Красной Звезды и два знака Почетного чекиста.
Зирниса отличала кипучая энергия и быстрота ориентировки. У него была редкая способность одновременно вникать во множество разнообразных дел и вопросов, не разбрасываясь в них, нацеливаясь на главное и доводя их до конца. На первый взгляд, он своим внешним обликом производил впечатление суровости и жесткости. Плечистый и крепко скроенный, с четкими и резкими движениями сильной фигуры, он имел волевое лицо с пристальным взглядом крупных светлых глаз. Вместе с тем он был человеком общительным, любившим и умевшим пошутить, внимательным и отзывчивым к людям и веселым в кругу друзей. В работниках, особенно молодых, он ценил инициативу, смелость замыслов и способность к самостоятельному мышлению. Ему нравились те, кто умел и не боялся отстаивать свое мнение, если даже оно не совпадало с его собственным.
Вот воспоминания Бориса Игнатьевича о нем:
— Это был умный, честный и исключительно работоспособный чекист, хороший организатор и стойкий в моральном отношении человек. При том, что я был ему ранее совершенно неизвестен лично как работник, он ко мне относился очень доверчиво, тепло и внимательно. Когда он приглашал меня к себе по интересующим его вопросам, связанным с оперативной работой, то эти встречи носили характер скорее товарищеских бесед, нежели разговора старшего с младшим. Иногда он даже как бы советовался о перспективах работы, проявлял внимание к зарубежной работе и особенно к охране границы. Оказывал всемерную поддержку предложениям по конкретным разработкам, в частности по «Мечтателям». Он был демократичен и доступен, и эту поддержку, моральную и организационную, мы всегда получали без малейшей волокиты и перестраховок. Ян Петрович создавал благоприятные условия для творческой оперативной работы, и за это мы его очень ценили, ибо без такой обстановки, основанной на доверии, ведение сложных агентурных разработок, по которым приходилось часто принимать решения вдалеке от центра, было совершенно невозможно.
Фамилия Зирниса встретилась и мне при просмотре комплекта газеты «Красная Звезда» за 1936 год. 14 февраля торжественно отмечалось пятнадцатилетие пограничных войск. В этот же день в газете было опубликовано постановление ВЦИК о награждении орденами командующих погранвойсками НКВД. Орденом Красной Звезды был награжден и Я. П. Зирнис — начальник управления НКВД Восточно-Сибирского края и командующий пограничными и внутренними войсками НКВД. В 1936 году после введения персональных воинских званий он имел звание комиссара Государственной безопасности 3-го ранга.
Вот несколько слов из воспоминаний Гудзя о его непосредственных начальниках: Борисове и Чибисове.
— Оба они были опытными чекистами, прошедшими школу центрального аппарата ВЧК — ОГПУ. Их знали не только Артузов и Пузицкий, но и Дзержинский и Менжинский. Чибисов, кроме того, работал на периферии на руководящей работе, а в центре — по борьбе с японским шпионажем. Борисов принимал участие в работе по разгрому савинковской контрреволюционной организации и по поимке самого Савинкова в 1924 году. Чибисов был старше Борисова по возрасту и обладал большим жизненным опытом. Он всегда был бодр и не терял интереса к работе ни на минуту. Особенно его увлекали комбинированные смелые разработки по японским разведывательным органам. В этой области, будучи заместителем начальника одного из отделений КРО, он достиг значительных успехов.
И снова я теперь уже в хорошо знакомой квартире старого чекиста. Долгая беседа и вопросы, вопросы…
— Борис Игнатьевич, как можно сформулировать основную идею операции?