Перейдем, наконец, к гражданской, административной деятельности Скобелева. Его генерал-губернаторство продолжалось ровно год. В новой для него административной деятельности он руководствовался такими главными целями, как экономическое процветание края, законность и спокойствие. Путь к их достижению он видел в замещении административных должностей достойными кадрами, в подборе которых исходил из принципов честности и прочной оседлости, привязанности к месту службы и проживания. С помощью политики, построенной на этих началах, он считал возможным завоевание доверия и уважения населения. Указывая на гнет Худояр-хана как на причину народного восстания, он нисколько не закрывал глаза на злоупотребления русской администрации. «Ханство стонало под непомерным гнетом свирепого Худояр-хана, и русская администрация на него полагалась, — позже анализировал события Скобелев. — Чрезвычайно интересно и поучительно это предисловие к кровопролитной кокандской войне и в смысле политическом, и в смысле административном. Оно доказывает всю нашу беспомощность и близорукость, всю ежеминутную опасность для нашего владычества, пока мы в Средней Азии будем продолжать держать худшие элементы нашей бесчисленной гражданской и военной бюрократии и не будем стремиться рядом экономических и воспитательных преобразований создать из туземцев надежный и преданный оплот… Генерал-губернатор Кауфман обратился к Худояр-хану письменно с советами, в которых выражалась необходимость более справедливого отношения к своему народу… Но… в нашей собственной Сыр-Дарьинской области народонаселение было задавлено поборами не менее, чем в соседнем ханстве… Сотни семейств хищнически сгонялись с родной земли самим правителем канцелярии туркестанского генерал-губернатора (ныне преданным суду)… уездные начальники… пользуясь правом административной ссылки, уже довели народ до отчаяния…»
Эта оценка, которую нельзя назвать иначе как честной и дальновидной, лучше всего характеризует цели и смысл административной деятельности Скобелева. Перед своим аппаратом он поставил четкое требование: управлять населением честно и справедливо. Так же — и с кипчаками. В письме начальнику Андижанского уезда он требовал «обращаться с кипчаками твердо,
В области наступили мир и спокойствие, непосильные налоги, установленные Худояром, были сокращены, оживились сельское хозяйство, ремесла, торговля. Население радовалось происшедшим переменам и с доверием относилось к новой власти. Скобелев пресекал злоупотребления некоторыми располагавшими к этому местными обычаями, например достарханом (подарки населения прибывшему начальнику). Когда ему в Андижане поднесли богатый достархан, он распорядился продать его с аукциона, на вырученные деньги купил участок земли, провел к нему воду и построил кишлак, назвав его Кауфманом. В кишлак он поселил семьи, больше других пострадавшие от происходивших здесь военных действий. Скобелев ревниво относился к созданию для себя репутации справедливого правителя. Объявления о часах приема всех желающих были расклеены по всему городу. Он был действительно доступен и прост, да и дом его был широко открыт для гостей званых и незваных. Канцелярской работы он не знал, но, как всегда, быстро разобрался в новом деле.
Заслуживают внимания в этом отношении воспоминания одного из сослуживцев. Скобелев часто приглашал товарищей на пирушки, во время которых «велись свободные разговоры на разные злобы дня… На одном из обедов, когда развязались языки от выпивки, над ним начали подсмеиваться, какой-де он губернатор, правитель и устроитель области, когда он не имеет никакого понятия о гражданских законах, а их 16 томов… Скобелев не возражал, промолчал и задумался. Этим, по-видимому, дело и кончилось, и все забыли о разговоре. Кажется, месяц спустя я зашел к Михаилу Дмитриевичу… Смотрю, у него на письменном столе какие-то новые книги, томы свода гражданских законов, один из коих раскрыт и, видимо, он только что читал его…
— Помните, как-то раз за обедом надо мною подсмеивались и говорили, что я не могу быть хорошим губернатором, потому что незнаком с гражданскими законами? Так я же вам докажу, что могу быть и гражданским правителем не хуже других!…Он начал говорить, что недостаточно только вызубрить статьи законов, на что способен и мелкий чиновник… нужно знать дух законов, да не одних только русских… Из его слов было видно, что он составил себе довольно-таки обширный план и горячо принялся за его исполнение… Потом я несколько раз… заставал его за усердным изучением искусства быть хорошим правителем. Он не был лишен настойчивости и упорства во всяком деле, за которое брался».
Эти качества помогли Скобелеву стать если не мудрым, то достаточно компетентным правителем. Вообще работоспособность его не знала пределов. Несколько раз он верхом объехал всю область, поражая сопровождавших выносливостью и неутомимостью.