Скобелев придавал большое значение поддержанию престижа армии и административной власти, но в то же время в каждом местном жителе видел полноправного гражданина и по возможности старался обходиться без репрессий. Казни он считал злом и прибегал к ним лишь при крайней необходимости, но обставлял их, как и другие наказания, торжественно, стремясь обеспечить прежде всего их воспитательное воздействие. Один такой факт — казнь Пулат-бека. Это был в полном смысле изверг и садист, упивавшийся жестокостью. Двор цитадели, где совершались зверства, пропитался кровью, заражая смрадом воздух. За три месяца он казнил четыре тысячи человек. Скобелев поручил его поимку много от него потерпевшим джигитам. Его удалось схватить. 29 февраля 1876 г. Пулат-бека повесили в Маргелане. Другой случай, когда Скобелев счел необходимым применить смертную казнь, был связан с появлением в окрестностях Андижана шайки авантюриста, назвавшегося Джатым-ханом.
В рапорте К.П.Кауфману о поимке Джатым-хана от 5 октября 1876 г. Скобелев сообщал, что по получении сведений о появлении шайки он (сам губернатор!) выступил с сотней казаков 3-го Оренбургского полка, но по пути узнал, что другие казаки этого полка уже имели столкновение с шайкой и одного ее участника захватили в плен. Пленного Скобелев казнил на базарной площади Ханабада при одобрительных криках народа. С помощью джигитов он пошел в преследование и рассеял шайку. Население, подчеркивал Скобелев, не поддержало и не сочувствовало этому «сброду бродяг». В заключение он докладывал: «Мною предписано полковнику Гродекову казнить смертью расстрелянием 16 (шестнадцать) человек, взятых в шайке Джатым-хана, из них 15 на базарной площади в Узгенте, завтра, 6-го октября, и одного на базарной площади в Ханаба-де по усмотрению полковника Гродекова. Обряд смертной казни предписано произвести со всевозможной торжественностью». Требование публичности и торжественности имело глубокий смысл: власть не расправлялась тайно, в застенках, с лицами, не угодными ей по каким-то непонятным народу причинам, не мстила, а заслуженно карала вооруженных бандитов во имя обеспечения населению спокойствия и мирного труда. Этими двумя фактами и ограничилось применение Скобелевым такой крайней меры, как смертная казнь. В обоих случаях народ громкими возгласами одобрял решение генерал-губернатора. Когда же юродивый на базаре ударил палкой русского офицера, то, хотя ему полагалась суровая кара, Скобелев оставил его без наказания, рассудив, что «это — животное, таковым и останется», и незачем делать из него мученика.
Вообще жестокость была органически чужда Скобелеву. Это свойство присуще, как известно, лично трусливым людям. Настоящий же герой — а именно таким был Скобелев — не может расправляться с честным, открытым противником. Так Скобелев учил и солдат: «лежачего не бьют», «никогда храброе русское войско не умело бить лежачего врага». Его рыцарственность, благородство, великодушие были так же неотделимы от его имени, как личная храбрость.
Уже в туркестанский период четко прослеживается отличавшая Скобелева любовь к солдату, забота об условиях жизни и быта, а также боевой подготовке войск. По его приказу в частях были устроены чайные и при каждой чайной — библиотека. Офицеры обучали солдат грамоте. По праздникам устраивались спортивно-воинские состязания и спектакли. Для облегчения колонизации и поддержания нравственности солдат, а также для избежания столкновений с местным населением он разрешил приезд семей, которые поселял в специально построенных слободках, превратившихся в богатые поселки. Многие солдаты остались в крае и после службы. Из нездорового климатом Коканда, порождавшего заболевание зобом, Скобелев решил переместить административный центр. Изучив местность, как он докладывал Кауфману, «для приискания места под областной город», он заложил новый Маргелан. При нем же были сделаны первые шаги по планировке и застройке города (в 1907–1924 гг. город Скобелев, ныне Фергана). Много внимания Скобелев уделял своим помощникам и сотрудникам, как военным, так и гражданским. К каждому он подходил индивидуально, соответственно руководил и поощрял, внимательно следил за удовлетворением своих представлений к наградам.
В конце 1876 г. область посетил Кауфман, торжественно встреченный Скобелевым. Познакомившись с состоянием дел, он остался весьма довольным. Своему начальнику штаба генералу Троцкому, находившемуся в Петербурге, он писал: «17 ноября 1876 г. Вас интересует знать, какое впечатление на меня произвела поездка в Ферганскую область. Общее впечатление самое хорошее. Михаил Дмитриевич занимается серьезно своим делом, вникает во все, учится и трудится… Войска везде строились и во время моего объезда. Войска славные, с прекрасным духом». Население довольно. В общем, он спокоен за Фергану, добавлял Кауфман.