Для него потянулись похожие один на другой дни заключения под стражей. Шаг за шагом следователи ФСБ и Главной военной прокуратуры скрупулезно распутывали один за другим шпионские узлы, завязанные шпионом на петле предательства. Их, как выяснилось, набралось немало. Десятки агентов, выданных предателем, были отданы на растерзание испанским и британским спецслужбам. Две с лишним сотни сотрудников ГРУ и СВР, которых коснулась его каинова печать, оказались засвечены перед контрразведками стран НАТО. Им пришлось свернуть свою деятельность, а некоторые вынуждены были отказаться от военной карьеры и уволиться.
Следствие по уголовному делу в отношении Скрипаля, обвиняемого по статье 275 «Государственная измена» Уголовного Кодекса Российской Федерации, шло двадцать месяцев.
9 августа 2006 года Московский окружной военный суд признал его виновным в совершении особо тяжкого преступления — государственной измены в форме шпионажа в пользу спецслужб Великобритании и вынес обвинительный приговор. Предателю было назначено наказание в виде лишения свободы сроком на тринадцать лет. Он также был лишен воинского звания полковника и всех государственных наград. В качестве смягчающих обстоятельств суд учел его признательные показания и активное сотрудничество со следствием. Отбывать наказание Скрипаля отправили в исправительную колонию № 5 УФСИН России, затерявшуюся в мордовских лесах. В ней содержались осужденные бывшие работники спецслужб, судов и правоохранительных органов.
Глубокой ночью автозак остановился перед воротами, щетинившимися колючей проволокой и противодиверсионными отбойниками. На сторожевой вышке пришел в движение караульный. Гулкую тишину нарушил металлический скрежет. Яркий сноп света разорвал чернильную темноту. Прошла минута, другая, гулкую тишину нарушили лай сторожевых псов и отрывистые команды. Дежурное отделение исправительной колонии выстроилось живым коридором от автозака к проходной. Начальники караулов обменялись списками осужденных и приступили к их приему-передаче.
Дверь автозака открылась, и в темном провале возникла согбенная фигура осужденного, по ступенькам сползла на землю и, прочитав «тюремную молитву», опустилась на корточки. Так повторилось четыре раза. Шестой замешкался. Пес грозно зарычал и злобно оскалился. Конвойный повел стволом автомата. Осужденный, сбиваясь, назвал свой номер, фамилию, статью по которой осужден, присел на корточки, покорно завел руки за голову и уткнулся лицом в спину впереди сидящего. Прогорклый запах хлорки и дешевых сигарет, казалось, навсегда въевшийся в тюремную робу, шибанул ему в нос. Он зашелся в кашле. Его одутловатое лицо уродовали судороги. В осужденном с трудом можно было узнать в прошлом молодцеватого полковника ГРУ Сергея Скрипаля. В нем мало что осталось от офицера-минера, рука которого не дрожала, когда касалась мины-ловушки, подложенной душманами. Он не имел ничего общего с тем задорным школьным комсомольским вожаком Серегой, который первым брался за сбор макулатуры и металлолома, а на ринге бился до крови и не уступал самому сильному противнику.
Команда начальника караула подняла на ноги партию осужденных шпионов, контрабандистов, нарушителей государственной границы и проворовавшихся чиновников. Они гуськом потянулась к проходной. Здесь в лесной глуши, за колючей проволокой им предстояло в течение долгих лет трудом искупать свою вину, а по вечерам в неказистой деревянной церквушке замаливать тяжкие грехи.
Для Скрипаля потянулась унылая от подъема до отбоя жизнь. В ней он потерялся и не смог подняться выше обычного обрезчика ниток на рабочей робе. Груз предательства за проданные чужие души продолжал давить на него. Скрипаль замкнулся в себе, сторонился других и потерял интерес к жизни. Позже бывший начальник четвертого отдела ФСБ РФ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области Константин Лапин, отбывавший наказание вместе с ним, вспоминал:
На эту и другие особенности поведения и характера шпиона обращал внимание другой осужденный, бывший начальник уголовного розыска УВД по Ростову-на-Дону Андрей Сычев. В частности, он отмечал: