Боевое крещение «хетцеры» получили в составе 731-го и 743-го противотанковых батальонов резерва главного командования (Heeres Panzerjäger Abteilung) в июле 1944 года. Каждый батальон насчитывал 45 машин: три роты по 14 машин и три самоходки в штабе батальона. В августе 1944 года роты «хетцеров» начали поступать на вооружение пехотных, егерских и ополченческих дивизий Вермахта и войск СС. В каждой роте насчитывалось 14 машин. Кроме того, до конца войны были сформированы еще несколько противотанковых батальонов резерва главного командования. «Хетцеры» активно использовался на всех фронтах вплоть до последних дней войны. На 10 апреля 1945 года в боевых частях Вермахта и войск СС насчитывалось 915 САУ «Хетцер», из них 726 на Восточном и 101 — на Западном фронте.
На экспорт «хетцеры» поставлялись только в Венгрию. В декабре 1944 — январе 1945 годов 75 машин этого типа поступили на вооружение подразделений самоходной артиллерии 1-й венгерской танковой дивизии. Они принимали участие в боях в районе Будапешта.
На базе САУ «Хетцер» было изготовлено 20 огнеметных танков Flammpanzer 38, 30 САУ Hetzer-Bison со 150-мм пехотным орудием sIG 33 и 181 БРЭМ Bergepanzer 38. Помимо этих машин «Хетцер» послужил базой для изготовления прототипов или проектирования целого ряда опытных образцов разведывательных танков, штурмовых гаубиц и противотанковых САУ. Наиболее любопытным из них можно считать истребитель танков Hetzer Starr («Хетцер штарр»). Немецкое слово «штарр» переводится как «жесткий» или «неподвижно закрепленный». У этого варианта ствол 75-мм пушки был жестко связан с лобовым листом корпуса, а противооткатные устройства отсутствовали. Для обеспечения горизонтального и вертикального наведения орудие размещалось в шаровой установке. Первый прототип был изготовлен в мае 1944 года, еще три машины — в сентябре. Все они были отправлены на фирму Alkett для дальнейших испытаний. Зимой 1944–1945 годов завод ВММ изготовил опытную партию из 10 машин «Хетцер штарр». Причем часть из них оснащалась дизельным двигателем Tatra 103 мощностью 220 л. с., с которым скорость машины несколько возросла.
Рассказ о «Хетцере» будет не полным без упоминая о послевоенной судьбе этой боевой машины. 27 ноября 1945 года штаб танковых войск чехословацкой армии принял решение об использовании для нужд национальной обороны бывших немецких боевых машин — истребителей танков «Хетцер», получивших новый индекс ST-I, и «Мардер», переименованных в ST-II. Кроме того, для обучения личного состава танковых войск на вооружение послевоенной чехословацкой армии был принят невооруженный вариант «Хетцера», названный ST-III. На территории Чехословакии было обнаружено более 300 «хетцеров», пригодных к восстановлению и достройке.
В феврале 1946 года фирма ČKD получила заказ на изготовление или капитальный ремонт 50 САУ ST-I и 50 учебных машин ST-III. Заказ был выполнен в течение 1946–1947 годов. При этом у машины ST-III сохранили неизменными ходовую часть и силовую установку, корпус же подвергся некоторым изменениям. На его крыше установили прямоугольную рубку, место орудия заняла башенка инструктора, а напротив места механика-водителя в броне был прорезан прямоугольный смотровой люк.
В феврале 1947 года последовал заказ еще на 20 ST-I, размещенный на фирме Škoda, а в конце 1949 года — еще на 30 машин. В итоге армия получила 100 новых самоходок ST-I и 50 учебных машин ST-III. Всего же с учетом оставшихся от Вермахта и отремонтированных машин в чехословацкой армии по состоянию на 1 января 1949 года имелось 246 САУ и три БРЭМ Bergepanzer 38.
Все эти боевые машины поступили на вооружение 21-й и 22-й танковых бригад, которые должны были стать основой для формирования моторизованных дивизий. Впрочем, в 1948 году, они были преобразованы в 351-й и 352-й полки самоходной артиллерии. В этих частях истребители танков ST-I и штурмовые орудия StuG III (чехословацкое обозначение ShPTK 40/75) эксплуатировались до начала 1950-х годов. В дальнейшем, по мере поступления в Чехословацкую народную армию боевой техники советского производства, немецкие машины переводились в резерв, а затем списывались.