Отслеживая ситуацию, царь со своим духовником одёрнули Никона, указав на неподготовленность его действий. Посчитали необходимым поставить предстоящую реформу на более прочную основу, прикрывшись церковным собором 1654 года. Здесь в торжественной обстановке Никон уже обстоятельно высказался о предложенных преобразованиях. Как заметили учёные, патриарх не обладал глубокими знаниями о происхождении тех обрядов, кои смело бросился исправлять. Зато его объяснения породили вполне понятные недоумения — кем и когда были испорчены книги, — ведь в отличие от Византийской империи Москва не знала царей-еретиков, и никакая ересь здесь не побеждала. У собора складывалось впечатление, что под предлогом исправлений пытаются уничтожить истинное благочестие. Ожидая чего-то подобного, предусмотрительный Алексей первым подал голос за реформы, тем самым фактически пресекая возможность нежелательных дискуссий. Расчёт оказался верным: никто не осмелился бросить вызов государю, за исключением Коломенского епископа Павла, поплатившегося за это темницей, истязаниями и ссылкой.
Пример непокорного архиерея возымел действие: очередной собор 1655 года уже полностью подчинился Никону, заручившемуся к этому времени поддержкой вовремя прибывшего антиохийского патриарха Макария. Этот знаток греческого богослужения был из арабов. В Успенском соборе Кремля через переводчика он разъяснял скоплению ошеломлённого народа благость троеперстия и недоумевал, почему Москва уклонилась от праведного пути. Его «отеческие» наставления резюмировал Никон: «Я русский и сын русского, но мои убеждения и моя вера — греческие». Мнение оппонентов в лице бывших никоновских сподвижников по кружку государя интересовало мало.
Вместо них входили в моду украинско-польские деятели — надёжная опора провозглашённого курса. Их круг неуклонно расширялся, пополняясь новыми колоритными фигурами. В этой разрастающейся среде даже возникла конкуренция за обязанности при дворе. Так, энциклопедические знания Е. Славинецкого превратили его, как считают некоторые историки, в одного из авторов реформы: с ним в обязательном порядке согласовывал Никон свою реформаторскую поступь. После смерти С. Вонифатьева крайне важную позицию царского духовника занял А. Савинович. Обладавшему даром проповедника и наставника Симеону Ситниановичу (Полоцкому) Алексей вверил воспитание детей, включая наследника Фёдора и царевну Софью.
Так что удаление в 1658 году Никона, слишком возвышенно относившегося к своим обязанностям, никоим образом не могло сказаться на реализации того, что было задумано не им. Опальный патриарх долго не мог взять в толк, что его по большему счёту использовали, дабы замаскировать украинско-польские уши в весьма щепетильном деле. Отделавшись от Никона, Алексей не рискнул определиться с новой кандидатурой, поскольку тот формально отказался покидать патриарший престол. В течение почти десятилетия царь сам занимался многообразной церковной жизнью. В это время прилив с берегов Днепра нужных кадров в церковный истеблишмент не ослабевал. Более того, на соборе 1660 года впервые в московской истории присутствовала делегация с Украины, внимательно следившая за религиозными сдвигами в Москве. Конечно, прожжённые церковники с униатской закалкой приветствовали предпринимаемые шаги, тем более что к ним самое непосредственное отношение имели их собратья, заметно укреплявшие свои позиции.
В то же время полного доверия к происходящему пока не возникало, необратимость церковной реформы вызывала определённые сомнения. Так, в Киевской митрополии хорошо помнили попытку московских иерархов распоряжаться как дома в отвоёванной Смоленской земле. Те вступили в борьбу с местным украинским духовенством, не стесняясь называть его иноверным. В знак протеста тогдашний глава Киевской митрополии Сильвестр Коссов в конце 1655 года даже отказался отправлять своего певчего Пикулинского в распоряжение Алексея. Кроме того, появление в Москве выписанных украинских монахов приводило к серьёзным недоразумениям. Так, после приезда очередной партии малороссиян, размещённых в Иверском монастыре, все прежние иноки покинули обитель, не желая находиться под одной крышей с неверными. Эпопея с Никоном, отставленным без его согласия, вызвала у киевских архиереев определённую озабоченность. Проявленное отношение к патриарху не могло не насторожить их, поскольку примерялось прежде всего на себя. Не случайно именно киевлянам принадлежала мысль поступить с опальным строго по установленному порядку, то есть окончательно лишить высокого сана только в присутствии восточных патриархов, с чём Алексей был вынужден согласиться.