Нашу церковь силой вбивали в новый религиозный формат: от предания анафеме старых обрядов до требования священникам облачаться по греческому покрою. Всё это производило настолько тяжёлое, удручающее впечатление, что даже романовские историки констатировали нетактичность происходившего. Стремясь минимизировать негатив, они подчёркивали, что избыточная суровость могла стать только делом чужих рук, то есть греков, заправлявших ходом собора. Тем самым из-под критики выводились украинские церковные деятели, которые как бы оказывались в тени.
Однако лидеры старообрядцев иначе оценивали ситуацию. Говоря о восшествии в мир Антихриста, они указывали на его путь — Рим, Польша, Малороссия и теперь Москва. В этом отразилось запоздалое понимание того, что бенефициарами церковной реформы были вовсе не греки, а совсем другие. Символично, что присутствовавший на соборе архиепископ Л. Баранович был пожалован иерусалимским и антиохийским патриархом знаками отличия, которые присваивались тогда лишь главам церквей и наиболее значимым митрополитам. Собор также постановил увеличить в два раза количество российских епархий: московскую церковь готовили к нашествию отнюдь не греческих, а украинских иерархов.
Так без «призвания» персон типа Лжедмитрия I, без иностранных интервенций и чего-то подобного руками «православного» царя осуществились старые униатские замыслы. В начавшем проводить их в жизнь Никоне надобности уже не было: авторитетом восточных патриархов собор окончательно низложил его. Добавим: он не смог простить это Алексею Михайловичу и в то же время прощения у народа, над которым надругался, так и не попросил. В период царствования Фёдора Алексеевича Никона пусть и номинально пытались восстановить в патриаршем сане, чему помешала только его смерть. Несмотря ни на что, заслуги последнего в разгроме нашей церкви признали неоценимыми.
Вместе с тем необходимые уроки из дела Никона были вынесены. Ведь тот, хотя и выступил в роли тарана, по сути, всегда оставался для украинско-польской публики чужим мордвином. Поэтому вскоре после Большого собора на роль патриарха подобрали ещё одного любопытного кандидата. Иоаким (Савёлов) был этнически русским, поскольку ставить патриархом украинца по-прежнему опасались. Не имел никакого богословского образования, отбывал воинскую службу в Чернигове, где женился, к 35 годам овдовел и вступил на церковную стезю. В отличие от Никона он пообтесался в Малороссии, приняв постриг в Межигорском монастыре в Киеве. Затем вернулся в Москву, как представитель украинской школы возвысился до Новгородского митрополита. Когда Иоакима в 1674 году призвали на патриарший престол, то его канцелярию возглавил проверенный киевский монах Ефимий. Вместе они строго стояли на охране завоеваний церковной реформы.
В частности, нейтрализовали попытку сочувствующих староверию изменить ситуацию, используя канонизированную в 1650 году Анну Кашинскую — жену Тверского князя Михаила Ярославовича. К её мощам с двуперстным сложением усиленно рекомендовали съездить новому государю Фёдору, в том числе его тётка Ирина Михайловна (старшая сестра умершего Алексея Михайловича тихонько симпатизировала сосланному Аввакуму). Однако патриарх Иоаким не допустил поездки, учредил комиссию для освидетельствования останков Анны. После чего церковный собор 1678 года решил запечатать мощи и исключить её из сонма святых.
Гонение на приверженцев старой веры — главное дело жизни Иоакима. С усердием выполняя программу Большого собора, он разработал целую систему репрессий против старообрядцев, изложенную в 12 пунктах особой инструкции, утверждённой затем государством. Закон требовал «возлагающих хулу» на святую церковь сжигать в срубе, а выявленных раскольников бить кнутом и высылать в дальние края, имущество конфисковать. Фактически впервые в российской церковной истории восторжествовал дух западной инквизиции.
Романовские историки не любят останавливаться на этих эпизодах, предпочитая больше говорить о борьбе патриарха Иоакима против «латинства» некоторых киевских деятелей, имевшего место во второй половине 1680-х годов. Но преувеличивать значение этого не стоит: здесь не было ничего принципиального, интриги велись за контроль над учебными заведениями, учреждёнными в это время. Отсюда жёсткие конфликты с Симеоном Полоцким и его воспитанником Сильвестром Медведевым. И хотя Иоаким преуспел в схватке, на деле это мало чего меняло. Ведь все они были едины в главном: в гонениях на староверов и на ислам.