Однако политическая обстановка все более ухудшается. Наполеон, продолжающий победоносное шествие по Западной Европе, после побед под Йеной, Ауэрштедтом и Фридландом признан властелином Германии. Поэтому Иоганн Рудольф Буркгардт настаивает, чтобы сын переехал в Англию, единственную, кроме России, страну, свободную от французской тирании.
Перед тем как отправиться в Лондон, Иоганн заехал в Базель. Мать его была в отчаянии, судьба снова разлучала ее с сыном. Надолго ли? Иоганн не унывал.
— Это наша последняя разлука, мама, — говорил он ей весело и беззаботно. — Я только завершу образование на чужбине, все уладится, и мы больше никогда не будем расставаться.
Она не знала в момент прощания, что видит сына в последний раз…
Заручившись рекомендациями и советами Блуменбаха, Иоганн в начале 1808 года устремляется в Лондон.
Англия значила для Буркгардта не просто страну, где он должен был "завершить образование". Здесь у него были свои планы. Его привлекала британская Ассоциация для содействия открытию внутренних частей Африки, плодотворно действовавшая с 1788 года. Это общество, насчитывавшее в своем составе многих крупных ученых, членов парламента, аристократов, быстро завоевывало авторитет у европейских географов и путешественников. Исследование Африканского континента, как и арабских стран, в Европе конца XVIII века заметно активизировалось, а Ассоциация не только стремилась к установлению торгового и политического господства Великобритании в глубинных районах Африки, по и ставила перед собой научные задачи. Возглавлял Ассоциацию известный естествоиспытатель Джозеф Бэнкс, участвовавший в экспедиции Джеймса Кука 1768–1771 годов, О встрече с Бэнксом Иоганн мечтал еще в Геттингене, Бэнксу адресовал свои письма и Блуменбах, рекомендовавший Буркгардта с самой лучшей стороны. Политические интриги, войны, перевороты, будоражащие Европу, — не для Иоганна. Нет ему никакого дела и до британского господства на Востоке. Страсть к путешествиям — это бацилла, как известно нередко приводящая к неизлечимой болезни. А в нем эта бацилла поселилась еще в раннем детстве. Он грезит о научных открытиях, о неизведанных землях, жаждет увидеть новые страны и узнать людей иного языка и иной культуры. Добрые, разумные человеческие отношения — он верит в это — служат миру, обогащению культур, взаимопониманию народов.
Однако раньше, чем с Бэнксом, Иоганн знакомится в Лондоне с русскими дипломатами. У одного из них ближайший друг — ректор Московского университета. Иоганн слышал, как успешно развиваются науки в России, некоторое время он на распутье: теперь он уже просит протекции у своих новых знакомых для переезда в Москву. Но разрыв отношений между Англией и Россией лишает его выбора, ему отказано в получении русского паспорта, он вынужден остаться в Англии.
Веселый, жизнерадостный, добродушный, Иоганн быстро завоевывает симпатии Бэнкса и секретаря Ассоциации Уильяма Гамильтона. Они охотно привлекают его к работе, в нем видят продолжателя дел Хорнемана и Мунго Парка, недавно совершивших свои первые путешествия в Центральную Африку. Но для будущего путешествия, для решения научных задач, которые ставились Ассоциацией, и достижения целей, к которым стремился сам Иоганн, его образование кажется теперь недостаточным, и он, как того и желал отец, при содействии Бэнкса в июле 1808 года поступает в Кембриджский университет для специальной подготовки, в нее входит изучение новых для него наук — ботаники, медицины, минералогии, географии, астрономии, а также арабского языка, и он постигает их с удивительной быстротой.
В это время Наполеон, объявив континентальную блокаду, делает последнюю попытку покорить Англию. Так Иоганн оказывается отрезанным от родителей, лишенным их поддержки. Даже переписка с ними почти прекратилась. Но он вовсе не склонен предаваться унынию. Спартанское воспитание, полученное дома, пригодилось. Но этого мало — ведь путешественник должен быть выносливым, неприхотливым, готовым ко всему. И он мучает себя жаждой, питается одними овощами, спит на голом полу и даже на булыжной мостовой под стенами университета. И при этом восторженно принимает все, что есть в его жизни, — необходимость без конца заниматься, любовь друзей, уважение учителей. Он любопытен, добр, весел, абсолютно лишен зависти. Словно бывалый путешественник, он отпускает бороду и позирует в таком виде перед художником. Полученный от него портрет он передает своим друзьям — супругам Кларк, и Анжелика Кларк делает с него гравюру. Оттиски он раздает на память всему университету.