Особое место в истории взаимоотношений Церкви и гос-ва занимает правление имп. Юстиниана I (527-565), властно руководившего церковной жизнью. В отличие от мн. своих предшественников Юстиниан положил в основание своей религ. политики принцип симфонии (гармонии) между церковной и гос. властью: «Величайшими у людей дарами Божиими, данными свыше по человеколюбию, являются священство и царство. Первое служит делам божественным, второе начальствует и надзирает над делами человеческими; и то, и другое происходит от одного начала и обустраивает жизнь человеческую - и ничто так не важно для царствующих, как честь иереев, к-рые за них вечно молят Бога. Ибо если первое будет совершенно безукоризненным и удостоится у Бога благорасположения (рбссзуίбт), а второе будет справедливо и подобающим образом обустраивать преданное ему государство (рплйфеίбн), наступит некое доброе согласие (ухмцщнίб фйт ἀгбиЮ), которое обеспечит все, какие ни есть, блага роду человеческому» (Novell. Just. 6, pr.). Фундаментальными основаниями принципа симфонии были правосл. вера и св. церковные каноны, к-рым император через свое законодательство (прежде всего, первые 13 титулов 1-й кн. Кодекса и многочисленные новеллы) придал значение общеимперских законов и установлений (Novell. Just. 107, pr.; 131. 1). В царствование Юстиниана возникало мн. церковных проблем, к к-рым он проявлял большой интерес. Его действия и вся церковная политика в целом получили неоднозначную оценку как современников, так и исследователей нового и новейшего времени: одни подчеркивали цезарепапистский характер его стремлений подчинить себе Церковь, др. отвергали обвинения в цезарепапизме.
«Скифские» монахи, поднявшие весной 519 г. т. н. теопасхитский спор из-за выражения «Един от Св. Троицы пострадал», нашли поддержку у Юстиниана, к-рый включил предложенную ими формулу в свои догматические работы и в литургический гимн «Единородный Сыне и Слове Божий». Наметившееся в кон. 20-х - сер. 30-х гг. VI в. смягчение политики в отношении монофизитов, сопровождавшееся переговорами с умеренными противниками Халкидонского Собора (напр., богословское собеседование с «севирианами» в К-поле в 532), сменилось в 536 г. осуждением Севира Антиохийского и его сторонников на Поместном К-польском Соборе. Юстиниан своей конституцией на имя Патриарха Мины утвердил решение этого Собора, запретив монофизитам крестить, устраивать собрания, рукополагать и т. д. (Novell. Just. 42). В Александрии после более чем полувекового перерыва была восстановлена правосл. иерархия. Однако возобновившиеся преследования монофизитов правительством сопровождались и в дальнейшем попытками найти основания для возможного соединения их с православными. Для того чтобы снять их упреки в том, что IV Вселенский Собор принял в церковное общение несториан, Юстиниан обнародовал эдикт с осуждением