Во 2-й пол. V в. продолжали издаваться законы против языческого культа. Маркиан и Валентиниан III запретили открывать уже закрытые языческие храмы, совершать жертвоприношения (CJ I 11. 7). Приверженцам древних культов было запрещено занимать муниципальные и гос. должности, их лишили нек-рых прав (при Льве I, в 468 и 472 - CJ I 4. 15 и 11. 8; при Анастасии - CJ I 11. 9). При Юстиниане I в 529 г. был закрыт интеллектуальный центр старой религии - афинская философская школа (CJ I 5. 18. 4). Однако пережитки язычества сохранялись в Византии и в кон. VI в., и позже, и даже самые строгие меры не могли полностью их уничтожить. Опорой язычества были, с одной стороны, аристократическая и образованная часть населения, не склонная отказываться от традиц. религии, так тесно связанной с былым величием Рима, а с др. стороны, крестьянство, традиционно консервативное; язычество удерживалось и среди варваров на приграничных территориях. Повсеместно язычники покорно принимали офиц. запрещение старого культа, не поднимаясь открыто на борьбу за прежнюю веру, но их пассивное сопротивление было широким и продолжительным. Иоанн Эфесский, посещавший в 40-х гг. VI в. столицу Византии, сталкивался со множеством язычников среди образованных горожан. В течение 7 лет (с 542) он по поручению имп. Юстиниана занимался миссионерством в провинциях М. Азии, окрестив более 70 тыс. чел. и построив 98 церквей и 12 мон-рей. Ему же принадлежит сообщение о преследовании в 578 г. язычников в Гелиополе (Финикия), где они все еще составляли большинство населения, включая и городские власти (
2-я пол. VI - нач. VII в. отмечены усилением тенденций, проявившихся в последние годы правления Юстиниана. Отколовшиеся монофизиты оставались основной проблемой для имп. власти и офиц. Церкви. Продолжалось оформление самостоятельной монофизитской церковной организации в вост. провинциях. Пытаясь восстановить единство христиан, имп. власть то склонялась к терпимости и религ. примирению, то вновь прибегала к репрессиям. В 565-571 гг. имп. Юстин II предпринял решительную попытку выработать платформу для объединения на основе «умеренного неохалкидонизма». На Соборе в Каллинике представителям монофизитов был зачитан имп. эдикт, в к-ром дифизитский догмат провозглашался в форме наиболее близкой к христологической терминологии свт. Кирилла: «Един от Святой Троицы пострадал», «Христос есть единство двух природ»; Халкидонский Собор не упоминался; снималась анафема с Севира Антиохийского. Такая политика властей вызвала протест ревностных приверженцев Халкидона (в 570 был смещен Патриарх Антиохийский
При активной поддержке К-польского Патриарха
После прихода к власти имп. Тиверия курс изменился: гонения прекратились и отношение к монофизитам стало более терпимым. Однако в самом конце столетия имп. Маврикий по инициативе Мелитинского еп. Дометиана вновь стал преследовать монофизитов; эта политика продолжилась в смутные годы имп. Фоки (602-610).
Зигзаги имперской политики лишь затрудняли дело церковного объединения. Властям даже не удалось воспользоваться серьезными противоречиями внутри монофизитского движения. Раскол сторонников и противников Халкидонского вероопределения продолжал углубляться, что было чревато серьезными последствиями в условиях ухудшения внешнеполитического положения империи.
Стремясь выстроить систему государственно-церковных отношений, имп. власть во 2-й пол. VI в. пыталась создать вертикальную структуру внутрицерковного управления, усилив позицию предстоятеля столичной кафедры. При поддержке имп. Маврикия К-польский Патриарх