Хотя новая структура была разработана наспех, в расчете на короткий, как многие думали, переходный период, она была плодом определенных компромиссов, которые при более благоприятных обстоятельствах могли бы разрешить споры и затянувшиеся переговоры по союзному договору до августа месяца. Так, например, по-новому предлагалось построить верхнюю палату парламента.
Новым было и то, что даже те республики, которые решат не присоединяться к союзному договору, могут участвовать в Межреспубликанском комитете по экономике. Если союзный договор был бы подписан, эта организация могла бы стать механизмом по координации экономической политики независимых государств. Год тому назад это могло бы рассматриваться как радикальная уступка различным движениям за независимость. Горбачев и другие в ту пору утверждали, что независимость и экономическое сотрудничество несовместимы. Но политическая атмосфера к осени 1991 года настолько изменилась, что новаторские аспекты предлагаемой организации не привлекали больше внимания.
Горбачев заменил также Совет безопасности новым Политическим консультативным советом, Таким образом, его главный консультативный орган меньше чем за два года менялся уже третий раз. Президентский совет просуществовал меньше года, после чего был заменен Советом безопасности, и этот последний только начал организовываться, когда руководящие члены его попытались отобрать власть у Горбачева. На этот раз Горбачев не стал для вида включать партийных консерваторов и русских шовинистов в состав своего совета. Он назвал своих давних советников – таких как Вадим Бакатин, экономист Николай Петраков, Александр Яковлев и физик Евгений Велихов, а также включил в совет и более радикальных реформаторов, таких как мэр Москвы Гавриил Попов, давний сторонник Ельцина Юрий Рыжов, мэр Санкт – Петербурга Анатолий Собчак и редактор «Московских новостей», только что назначенный главой Центрального телевидении Егор Яковлев. Горбачев назвал также Эдуарда Шеварднадзе, но тот отказался.
Если бы в 1990 году Горбачев послушался рекомендаций Совета, аналогичного тому, который он сейчас создавал, он мог бы избежать некоторых наиболее серьезных своих ошибок. На самом же деле его Советы были лишь витриной, а не эффективно действующими институтами. Горбачев редко консультировался со всей группой в целом, а просто вызывал отдельных советников и в зависимости от настроения принимал или отклонял их рекомендации. Соответственно Политический консультативный совет действовал не лучше, чем его предшественники, но к тому времени, когда он был составлен, ни один из институтов советского правительства уже не мог повлиять на ход событий.
Большинство населения следило не столько за деятельностью новых правительственных организаций, сколько за деятельностью двух старых – КГБ и вооруженных сил. То, что люди, возглавлявшие обе эти организации, участвовали в перевороте, делало их уязвимыми для чистки, несмотря на то, что в целом они (особенно армия) единодушно не поддержали заговорщиков.
Поначалу в КГБ произошли более радикальные перемены, чем в армии и во флоте. Как только переворот захлебнулся, президентская охрана, подразделение, ведавшее президентской связью, и отряд «Альфа» были выведены из КГБ и поставлены непосредственно под контроль президента. Затем 11 октября Государственный совет решил ликвидировать КГБ СССР и разделил его натри отдельные организации: пограничную охрану, разведку и службу внутренней безопасности…
Некоторые старшие офицеры КГБ были арестованы за прямое участие в попытке убрать Горбачева, однако большинство сотрудников КГБ были оставлены в новых службах. Бакатин настаивал на том, чтобы возглавляемая им организация ограничила свою деятельность борьбой с правонарушениями, и выступил против требований о всеобщей чистке и о том, чтобы открыть архивы КГБ и установить, кто работал информаторами. Бакатин считал, что последнее приведет к несправедливым и часто необоснованным обвинениям против невинных людей.
Бакатин пошел навстречу республикам, отдавая им контроль над силами внутренней безопасности на их земле, и подписал целый ряд соглашений, передававших им имущество КГБ на их территории. Он работал также с российскими властями, создавая Федеральное агентство безопасности РСФСР.
Вооруженные силы не подверглись перестройке, как КГБ, но в верховном командовании были произведены существенные изменения: к октябрю свыше половины членов коллегии Министерства обороны были заменены. Генерал Евгений Шапошников был назначен министром обороны, а Павел Грачев – его заместителем.