Вскоре выяснилось, что бывшие тушинцы обманули москвичей. Узнав, что Василий сведен с престола, они рассмеялись и с издевкой сказали: «Вы свели своего царя с престола, поскольку забыли крестное ему целование. Мы же своему слову верны и готовы умереть за Дмитрия». Когда Гермоген узнал о провале договора с тушинцами, он стал требовать, чтобы Василия вновь сделали государем. Некоторые бояре с ним согласились, но главные заговорщики были решительно против. Ведь Шуйский непременно расправился бы с ними. Поэтому 19 июля Захарий Ляпунов с князьями Тюфякиным, Волконским и Засекиным пришли к бывшему царю и потребовали, чтобы тот принял постриг для успокоения всего русского народа. Естественно, что Василий не хотел это делать, поскольку монаху путь на престол был закрыт навсегда. Но заговорщики силой выволокли упирающегося старика и чуть ли не на руках втащили в Чудов монастырь. Во время обряда пострижения Василий хранил гробовое молчание, и обетные слова пришлось говорить князю Тюфякину. Также насильно была пострижена и царица Мария Петровна, ставшая монахиней Еленой. Узнав обо всем, патриарх Гермоген отказался признавать законность пострижения и стал называть монахом Тюфякина. Но не в его силах было вернуть Шуйскому царскую корону. Поэтому бывший царь так и остался в Чудовом монастыре, а его братьев взяли под стражу. На этом несчастья Василия не закончились. Временное боярское правительство вступило в переговоры с гетманом Жолкевским о возведении королевича Владислава на престол. Но тот соглашался помочь в борьбе с Лжедмитрием II только при условии, что Шуйский с братьями будет ему выдан. Он боялся, что после разгрома самозванца переменчивые русские люди вновь отдадут свои симпатии свергнутому царю. Тогда по приказу бояр Василия перевели в более отдаленный Иосифо-Волоколамский монастырь. После того как Лжедмитрий был отогнан совместными усилиями, Жолкевский вернулся к королю под Смоленск. По пути он захватил и бывшего царя, и его братьев. Так В. И. Шуйский оказался в польском плену.
30 октября 1610 года Василий испытал небывалое унижение: согласно церемониалу, во время приема у короля Сигизмунда ему следовало поклониться своему врагу. Такого позора не испытывал ни один русский царь за всю историю монархии. Не захотел его терпеть и Шуйский. На приеме он гордо заявил: «Не подобает московскому царю кланяться королю. Так уж судьба сложилась и Бог повелел, что оказался я в плену. Не вашими руками взят, а московскими изменниками, рабами отдан». Следует отметить, что король Сигизмунд считал, что он сам победил русского царя. В письмах папе римскому и испанскому королю он писал, что силой оружия ему удалось не только вернуть свои родовые владения (под ними он понимал Смоленск), но и отомстить за недавние обиды, разбить войско В. И. Шуйского, свести его с престола и взять в плен, а также оккупировать русскую столицу.
Василий недолго сохранял мужество. Вдали от Родины, любимой жены и друзей он, судя по всему, окончательно пал духом и превратился в марионетку, покорную королю. Об этом свидетельствует описание королевского приема в октябре 1611 года, составленное очевидцем: «На Василии была белая парчовая ферязь и меховая шапка. Сам он выглядел как старик, был сед, невысок, круглолиц, с длинным немного горбатым носом, большим ртом, длинной белой бородой. Смотрел исподлобья и сурово. Перед ним в открытой карете сидели два брата. Когда Шуйских поставили перед королем, то все трое низко поклонились, держа в руках шапки. Первым выступил с речью Жолкевский. После этого Василий вновь низко поклонился, дотронувшись правой рукой до земли, потом эту руку поцеловал. Дмитрий ударил челом до земли, а Иван трижды бил челом и плакал. После этого всех троих допустили к королевской руке. Для всех присутствующих это зрелище было удивительным и жалостливым».