К вечеру 13 апреля в столице тревожно зазвонили колокола. Все спрашивали друг друга: «Что случилось?» Ответа не было. Несмотря на послеобеденное время, когда следовало отдыхать, Петр Иванович поспешил в Кремль. Там он узнал, что царь Борис скоропостижно скончался. Для семьи Буйносовых это известие не предвещало ничего хорошего. При дворе неминуемо должны были произойти перемены. Любой новый царь никогда не довольствовался окружением старого. Наследником был юный царевич Федор, с детства имевший близких ему людей, дядек, стольников и т. д. Именно их он должен был сделать своими главными советниками. Престарелому князю среди них места не было. Конечно, красавица Екатерина могла бы стать достойной невестой нового царя, но Годуновы вознесли себя слишком высоко над остальной знатью и не желали родниться ни с князьями, ни с боярами. Петр Иванович понял, что его придворная карьера близка к закату, и решил уйти в тень. На самом же деле 16-летний Федор Годунов остро нуждался в опытном и верном воеводе.
Вскоре в Москву пришла весть, что царское войско, стоящее под Кромами, перешло на сторону Лжедмитрия. Лишь немногие прискакали к Федору Годунову. Среди них был родственник Буйносовых М. П. Катырев-Ростовский. Он в деталях и подробностях рассказал о том, что многие знатные воеводы буквально потеряли разум и «бросились в объятия» плута и обманщика Гришки Отрепьева, чтобы получить при его дворе новые высокие чины. Среди них были главные противники ростовских князей по местническим спорам князья Голицыны, Татевы, Шереметевы и другие. Становилось ясным, что впереди Петра Ивановича ждали опала и бесчестие. Поэтому было решено, пока не поздно, всей семьей уехать в новгородское имение. Предлогом для этого могло служить начало сельскохозяйственных работ. Юной княжне не хотелось уезжать из столицы в деревенскую глушь. Ведь там некому было показывать красивые наряды, не с кем было обмениваться новостями. Не было там больших храмов, в которых по праздникам собиралась бы вся знать. Но делать было нечего. Очень скоро все ценное погрузили на телеги и под охраной боярской свиты двинулись в путь. Стояла солнечная майская погода, и путешествие обещало быть легким.
Уже в дороге Буйносовы узнали о страшных событиях в столице. 1 июня москвичи подняли восстание против Годуновых и свергли с престола. Их сторонники были ограблены и взяты под стражу до приезда «законного государя Дмитрия». Тут все поняли, что решение Петра Ивановича об отъезде было исключительно своевременным. В ближайшем придорожном храме отслужили молебен и воздали хвалу Богу за спасение. В деревне, среди цветущей природы, Екатерина забыла о московских опасностях. Как о чем-то далеком узнавала она о воцарении самозванца, о новых порядках при дворе, о печальной участи царевны Ксении, превращенной в наложницу лжецаря. Никто из членов ее семьи не верил в то, что на престоле сидит истинный сын Ивана Грозного. Всем было ясно, что царская власть оказалась в руках отъявленного плута и обманщика. Но Петр Иванович не желал рисковать своей головой для его разоблачения. Он надеялся на то, что жизнь сама все расставит по своим местам.
Незаметно пролетело теплое лето. Наступила осень, сбор урожая. Хлеба уродились отменные, домашний скот дал хороший приплод, погреба были заполнены капустой, свеклой, морковью и другими овощами. Зима предстояла сытная и беззаботная. Можно было целыми днями сидеть в теплой горнице, заниматься рукоделием, слушать песни деревенских девушек и сказки нянек и мамок. Однако как-то раз сонную деревенскую тишину разбудил звон бубенцов. «Едут, едут!» — кричали дворовые мальчишки. Любопытная Екатерина тут же выглянула в окно, а Петр Иванович вышел на крыльцо встречать гостей. Оказалось, то были посыльные из Москвы, среди которых были люди князя В. И. Шуйского, хорошего приятеля Буйносовых. Тут же был накрыт стол с богатыми деревенскими яствами, и за чарками водки потекла неторопливая беседа.
Новый царь Дмитрий во всем был странен: в храм ходил редко, в бане не мылся, в Думе никому не давал рта открыть, любил разъезжать по городу с ватагой вооруженных до зубов молодцов, по ночам устраивал дикие оргии, на которые доставляли юных невинных монашек. Более того, он задумал жениться на полячке Марине Мнишек и для подарков ей расхищает царскую казну. По всему было видно, что он — настоящий мошенник и еретик. Эти новости не очень удивили всех. Странным было то, что московские бояре служат этому обманщику и во всем ему потакают, вместо того чтобы публично разоблачить и свергнуть.