Но царь Василий был недоволен действиями племянника. Он настоятельно требовал, чтобы тот освободил столицу и его самого. Медлительность же стал расценивать как какой-то тайный умысел. Масло в огонь подлил и рязанский воевода Ляпунов. Он отправил Скопину грамоту, в которой прямо назвал его новым русским царем, освободителем государства от Вора и интервентов. Шуйского же он обозвал бездеятельным трусом. Все это стало известно в Москве. Хотя князь Михаил рассердился на рязанца и даже хотел его наказать за неподобающую ему честь, царь Василий затаил зло на родственника. Он прекрасно понимал, что авторитет Скопина очень высок среди всех слоев населения, сам же он фактически оказался в его подчинении. Ведь города стали присылать деньги и продовольствие не в столицу, а в Александрову слободу князю Михаилу, как бы признавая его своим главой.
Когда осенняя распутица закончилась и дороги замерзли, Скопин возобновил военные действия. 12 января 1610 года был взят Дмитров, последний оплот гетмана Сапеги. С остатками войск он был вынужден отправиться под Смоленск, где обосновался новый враг царя Василия — польский король Сигизмунд. С февраля 1609 года король планировал поход на Русь, используя в качестве предлога Выборгский договор со Швецией. Ведь он считал короля Карла IX узурпатором, незаконно отнявшим его шведский престол, и любое его сближение с Россией рассматривал как повод для войны с последней. Но напасть на соседнюю страну Сигизмунд решился только осенью 1609 года, поставив перед собой пока одну цель — захватить Смоленск, который считал своей вотчиной, отторгнутой обманным путем, но на самом деле у него были далеко идущие цели. Смоленский воевода М. В. Шеин доносил еще в апреле, что у короля был коварный план военного переворота в Москве. Для его осуществления Сигизмунд хотел отправить туда исключительно многочисленное посольство во главе с сыном Владиславом. На месте следовало арестовать В. И. Шуйского и посадить на престол Владислава как потомка литовского князя Ягайло, имевшего тесные родственные связи с князьями Рюриковичами. Однако осуществить столь смелый шаг Сигизмунд все же не решился.
Успехи Скопина и непредсказуемые действия польского короля привели к тому, что Тушинский лагерь стал распадаться. Поляки решили, что служить своему монарху выгоднее, и стали подумывать о том, чтобы арестовать «царика» и выдать Сигизмунду. Лжедмитрий вовремя узнал о готовящемся заговоре и тайно бежал в Калугу. За ним отправились его русские сторонники, поляки же отбыли под Смоленск. Таким образом, грозный враг у стен Москвы как бы испарился сам по себе.
12 марта 1610 года армия Скопина-Шуйского вместе с Понизовой ратью Ф. И. Шереметева торжественно вступили в столицу. Жители с восторгом приветствовали своих освободителей. Особенно популярным стал молодой красавец-богатырь Михаил Скопин. Только не все желали видеть его преемником престарелого царя Василия. Особенно недоволен был славой Скопина честолюбивый Д. И. Шуйский, считавший себя законным наследником бездетного брата. Он решил во что бы то ни стало избавиться от удачливого соперника. Его жена Екатерина Григорьевна, дочь Малюты Скуратова, согласилась помочь. Наиболее удобный случай представился в апреле, на пиру по случаю крестин двухмесячного сына боярина И. М. Воротынского. Князь Михаил был приглашен на роль крестного отца, крестной матерью стала Екатерина Григорьевна. В конце празднества, по обычаю, она поднесла куму, т. е. Михаилу, чашу с вином. Когда тот ее выпил, то очень скоро почувствовал себя плохо. Отправившись домой, совсем слег. Его лицо побагровело, из носа и ушей полилась кровь, глаза затуманились, волосы встали дыбом. Лежа на кровати, князь начал метаться, испытывая страшные муки. Мать и жена сразу поняли, что Михаила отравили. Подозрение пало на жену Д. И. Шуйского, но что-либо доказать в то время было невозможно.
Слух о болезни всеми горячо любимого полководца-освободителя разнесся по Москве. Из царского дворца прислали лекарей, Яков Делагарди пришел со шведскими врачами. Но лечение не дало никакого результата — убийцы действовали без промаха. К дому умирающего стали собираться толпы людей. Царь Василий тоже был вынужден навестить умирающего племянника. Ему неприятно было слышать, как соратники Скопина, рыдая, говорили у ложа князя: «Кто у нас теперь полки урядит? Кому нам служить? За кем идти в бой? Ты не только был нам господином, ты был государем нам возлюбленным. Ныне мы, как скоты бессловесные, как овцы без пастыря». Василия уже никто не хотел считать своим государем. Более того, многие обвиняли его в отравлении князя Михаила.