Однако время оказалось не на стороне атакующих, а на стороне обороняющихся. Причина же заключалась в том, что «царь Дмитрий» так и не появился в войске Болотникова, хотя за пять недель добраться из Самбора в подмосковный стан было вполне возможным. Городовые воеводы и служилые люди стали задавать себе вопрос: «За кого и за что мы сражаемся?» Ведь никто из них не согласился бы в случае победы посадить на трон И. Болотникова или «царевича Петрушку», который присоединился к движению против Шуйского. В существовании же Дмитрия многие стали сомневаться. К тому же стояла зима, и жить в палаточных условиях было крайне сложно. Этими настроениями в стане Болотникова ловко воспользовался царь Василий, имевший всюду своих лазутчиков.
Следует отметить, что сначала, когда к Москве подошла армия болотниковцев, положение царя Василия было просто катастрофическим. Он оказался запертым в столице среди бунтующей страны, не имея ни войска, ни надежных помощников и союзников. Даже бояре не желали ему служить и глухо роптали прямо за спиной царя. Один раз терпению Шуйского пришел конец, и, сняв царский венец, он стал предлагать его всем желающим, однако таковых не нашлось. Пробовали бунтовать и москвичи. Толпами собирались они на Красной площади и требовали от властей объяснений происходящего. Один раз такая толпа окружила Василия, когда он выходил из Успенского собора после молитвы. С трудом вырвавшись, царь вновь использовал прежний трюк — стал предлагать свой венец и скипетр любому желающему их взять. Вновь ни одного смельчака не нашлось. Ситуация в столице была критической, и никто не знал, как с ней справиться.
Хитрый и многоопытный Василий Иванович все же нашел выход. Зная о разброде и шатаниях в умах болотниковцев, он решил поднять моральный дух москвичей и сплотить 194 вокруг своего трона. Для этого он привлек на свою сторону честного и прямодушного патриарха Гермогена, пользовавшегося большим авторитетом у населения. Хотя сам Гермоген недолюбливал коварного царя Василия, но выбирать ему не приходилось. Непонятный сброд, стоявший у стен столицы, представлял для православной церкви большую угрозу, в то время как Шуйский постоянно объявлял себя ее защитником. По совету патриарха в городе были организованы несколько акций всеобщего покаяния и массовые молебны. Первой стало публичное прочтение в московских церквях «Повести о видении некоему мужу духовну», написанной благовещенским протопопом Терентием. В ней объяснялась причина осады столицы болотниковцами — «кровоядцами и немилостивыми разбойниками», и давался совет, как от них спастись. Вкратце содержание этого произведения таково: как-то ночью одного человека позвали в Успенский собор. Там он увидел сидящего на троне Христа и Богородицу. Христос говорил, что собирается покарать Москву за то, что ее жители постоянно грешат и не соблюдают его заповедей. Богородица просила не делать этого и пожалеть православных людей. На это Христос ответил, что готов еще раз простить, если все люди, включая царя и патриарха, одумаются и покаются в своих прегрешениях.
После прочтения этого произведения в Успенском соборе царь Василий первым подал пример и начал горячо молиться и просить у Бога и москвичей прощения за свои многочисленные грехи. Зрелище плачущего и кающегося царя было столь умилительным, что и все остальные люди упали на колени и стали просить друг у друга прощение. Всеобщее покаяние, как и задумывалось, сплотило москвичей вокруг В. И. Шуйского и те, кто намеривался перейти на сторону Болотникова, одумались. Не последнюю роль в этом сыграло и духовенство, которое представляло болотниковцев сбродом босяков, головорезов и разбойников, желавших поживиться за счет богатых москвичей.
Хитрый Василий этим не ограничился. Он стал засылать в стан противника своих людей, которые начали уговаривать городовых воевод отстать от «воровства», не сражаться за несуществующего «царя Дмитрия» и перейти на сторону законного государя В. И. Шуйского. Даже самому Болотникову предлагали высокий воинский чин, лишь бы он прекратил осаду Москвы. Но тот гордо ответил: «Я дал душу свою Дмитрию и сдержу клятву. Буду в Москве не изменником, а победителем!» Так думали далеко не все. Рязанские воеводы П. Ляпунов и Г. Сунбулов поняли, что «царя Дмитрия» действительно нет и сражаться им не за кого. В конце ноября во время одного из сражений они перешли на сторону царя Василия. Несколько позднее это сделал и веневский воевода Истома Пашков. Силы восставших заметно ослабели, поскольку среди них было мало опытных воевод. В довершение всего оказалось, что тверичи и смоляне не покорились болотниковцам и даже решили отправить свои городовые полки на помощь осажденной Москве. По дороге они освободили Дорогобуж, Вязьму и Можайск.