Получив подкрепление, царь Василий решил дать бой Болотникову. 1 декабря выступило войско под началом талантливого полководца М. В. Скопина-Шуйского. На следующий день состоялся бой у деревни Котлы. Он был очень кровопролитным и продолжился в последующие дни у Коломенского и Заборья. Болотниковцы потерпели жестокое поражение и были вынуждены отойти к Калуге. Царь Василий решил закрепить успех и отправил вслед за ними полки под началом своего брата Дмитрия Ивановича, который, впрочем, был достаточно бездарным полководцем. Он попытался было с ходу штурмом взять город, но переоценил свои возможности. Болотников совершил смелую вылазку и наголову разбил царского брата. Его потери составили 14 000 убитыми. Сам незадачливый полководец едва спасся бегством. Но В. И. Шуйский на этом не успокоился. 17 декабря он отправил к Калуге новое войско под началом младшего брата Ивана Ивановича (остальным полководцам он, видимо, не доверял). Тот решил пойти на хитрость и с помощью примета — деревянной крепости из бревен — поджечь город. Однако Болотников разгадал этот план, сделал подкоп и взорвал примет. Во время всеобщей паники, вызванной взрывом, он напал на войско Шуйского и разгромил его. Вскоре на подмогу Ивану Ивановичу подошли дополнительные войска под началом Ф. И. Мстиславского, и началась длительная осада города.
Интересно отметить, что в боях с болотниковцами, считавшимися сторонниками «царя Дмитрия», сражались те, кто когда-то посадили на трон Лжедмитрия I. Руководителями полков были Б. П. Татев, сдавший первому самозванцу Царев-Борисов и получивший за это боярство; известный смутьян Борисова войска князь И. В. Голицын; мнимые родственники «царевича» М. А. Нагой и И. Н. Романов. Сдавший зимой 1605 года Белгород Б. М. Лыков через два года мужественно оборонял Рязань от войск Болотникова. В то же время зять С. Н. Годунова, главного советника царя Бориса, князь А. А. Телятевский оказался в стане сторонников нового самозванца. Получается, что русская знать не верила в воскрешение Дмитрия и сражалась на той стороне, которую считала для себя более выгодной. Это и стало главной причиной образовавшегося вскоре двоевластия.
Пока же к весне 1607 года ситуация для царя Василия складывалась довольно благоприятная. Понизовая рать Ф. И. Шереметева наконец-то активизировалась и стала освобождать поволжские города: Арзамас, Нижний Новгород, Свияжск. Это заставило «царевича Петрушу» покинуть данный район и отправиться в Путивль. И. И. Болотников был заперт в Калуге и неспособен к активным действиям. Для закрепления успеха В. И. Шуйский решил провести еще две акции по сплочению подданных вокруг его трона и дискредитации «царя Дмитрия». Первая заключалась в перенесении праха Бориса Годунова, его жены и сына из убогого Варсонофиевского монастыря в Троице-Сергиев. Отказав Борису в праве быть похороненным в царской усыпальнице — Архангельском соборе, Василий все же решил отдать должное невинным страдальцам от происков злобного еретика-самозванца и повелел устроить для них красивую усыпальницу в самом крупном и почитаемом монастыре.
Перезахоронение было публичным. В нем участвовали патриарх с высшим духовенством, сам царь с боярами, а также царевна Ксения, ставшая по воле Лжедмитрия монахиней Ольгой. Церемония должна была напомнить всем о злодеяниях самозванца и побудить на борьбу с тем, кто вновь принял на себя имя Дмитрия. Вторая акция заключалась в том, что москвичи должны были попросить прощение у свергнутого когда-то патриарха Иова. Хотя он лишился престола по воле самозванца, но москвичи тогда ничего не сделали для того, чтобы защитить своего пастыря.
Слепой Иов был привезен из Старицы в Москву. Вместе с Гермогеном он составил разрешительную грамоту, в которой были описаны преступления Лжедмитрия. Кроме того, в ней содержался текст прощения москвичей за то, что они поддержали лжецаря. Характерно, что в этой грамоте Борис Годунов уже прямо не назван убийцей царевича Дмитрия (тот принял заклание от рук изменников своих). В. И. Шуйский же наречен «воистину святым и праведным царем», сокрушившим самозванца по промыслу Божию. 19 февраля 1607 года эта грамота была разослана по посадским сотням. 20 февраля в Успенском соборе была осуществлена сама акция при «всенародном множестве» москвичей. С великим воплем и плачем представители посада просили у Иова прощение за то, что когда-то помогли воцариться «злобному еретику», забыв свое крестное целование Федору Борисовичу. От их лица Иову была подана челобитная, в которой они каялись во всех грехах. В свою очередь, бывший патриарх попросил зачитать свою разрешительную грамоту, в которой он прощал все грехи. После этого жители посада упали на колени перед Иовом и с плачем стали говорить: «Во всем виноваты, честной отец, прости, прости нас, грешных!»