12 июня каширское войско, усиленное московскими полками М. В. Скопина, подошло к Туле и расположилось у реки Воронья (приток р. Упа). Три дня Петруша пытался их отбить, но все было тщетно. Казачья конница не могла развернуться на топких берегах речушки. 30 июня подошло основное войско под началом царя Василия и замкнуло блокадное кольцо. Тула была хорошо укрепленным городом, и продовольствия и боеприпасов в ней было достаточно. Поэтому Петруша с Болотниковым решили, что могут «отсидеться» до подхода «царя Дмитрия». По слухам, он был уже в Стародубе; чтобы помощь пришла скорее, в его ставку был отправлен атаман И. Заруцкий. Однако там кроме нового самозванца и горстки его сторонников никого не было. Об этом «тульские сидельцы» узнали слишком поздно.
Пять месяцев пришлось осаждать Тулу царским войскам. Петруша и Болотников оказались на редкость бесстрашными и упорными соперниками. В городе они поддерживали боевой дух и следили за порядком. Изменников безжалостно карали. Дубовый острог и каменная крепость служили всем хорошей защитой. Когда наступила осень, Шуйский решил, что необходимо принимать кардинальные меры по взятию города, ведь армия не могла зимовать в палатках. Один боярский сын из г. Сумы Фома Кравков посоветовал царю перекрыть мешками с песком реку Упа, которая протекала по Туле. Так и сделали: в дно речки забили сваи и к ним навалили мешки, превратившиеся в плотину. В итоге город оказался затопленным. 10 октября положение осажденных стало критическим. В воде оказались пушки, боеприпасы, склады с продовольствием. Жителям пришлось переселиться на крыши домов, что оказалось не слишком удобным в осеннюю непогоду. Начались голод и болезни.
Хитрый Василий тут же стал уговаривать Болотникова и Петрушу сдаться, обещая быть мягким и снисходительным к тем, кто добровольно сложит оружие. Его грамоты все время засылались к измученным тулякам. Дело кончилось тем, что защитники города решили добровольно открыть крепостные ворота и выйти без оружия к царским войскам. Первым это сделал Петруша, за ним — И. Болотников и все остальные.
Но коварный царь Василий не выполнил своего обещания. Все руководители были тут же схвачены. Петрушу отвезли в Москву, где Боярская дума устроила над ним суд. «Царевич» был признан виновным по всем статьям и, как государственный преступник, приговорен к смертной казни, правда, она состоялась не сразу, а только в январе 1608 года. Болотникова отправили в каргопольскую тюрьму. Там он вел себя исключительно вызывающе и часто заявлял стражникам, что скоро сам будет зашивать в медвежьи шкуры всех царских приспешников и травить их собаками. Через полгода, когда угроза нападения на Москву нового Лжедмитрия стала реальностью, Болотникову сначала выкололи глаза, а потом утопили. Победителем возвращался царь Василий в Москву. Он чувствовал себя настоящим героем, лично расправившимся со всеми своими врагами. На радостях он щедро наградил своих воевод и распустил их по домам. Казалось, что покой государства никто не осмелится нарушить. Однако, как показало время, это было затишьем перед новой бурей.
Упрочившись на престоле, В. И. Шуйский задумал жениться. Хоть он был уже довольно стар, но надеялся с помощью молодой жены продолжить свой род. В то время ни у него самого, ни у его братьев детей не было. Выбор монарха пал на молодую и красивую княжну Екатерину Петровну Буйносову-Ростовскую, дочь князя Петра Ивановича, погибшего в 1607 году от рук «царевича» Петруши во время одного из сражений. Екатерина уже давно нравилась Василию Ивановичу, поскольку с ее отцом он был в приятельских отношениях. Однако он решил, что ее имя не слишком подходит для царицы, и попросил девушку сменить его на имя Мария. Молодая княжна согласилась, поскольку мечтала поселиться в царских покоях. Ее даже не смутило то, что будущий муж был ровесником отца.
Пышная и многолюдная свадьба состоялась 17 января 1608 года. На отцовом месте был младший брат Василия Иван, на материном — жена брата Дмитрия Екатерина (ее муж почему-то отсутствовал на этом торжестве). Тысяцким стал Ф. И. Мстиславский, дружками жениха — М. В. Скопин-Шуйский и И. Ф. Крюк-Колычев, дружками невесты — И. А. Хованский и И. М. Пушкин. Шуйский понимал, что не слишком подходит для молодой и красивой девушки, поэтому сбрил седую бороду и нарядился с небывалой роскошью. Невеста получила от него много дорогих подарков из царской казны. (Позднее ее заставили все вернуть.) Современники заметили, что после свадьбы некогда скупой и мнительный царь Василий изменил не только внешность, но и нрав: полюбил веселые развлечения, стал общительнее и щедрее. От этого брака родились две дочери — Анна и Анастасия, но обе умерли во младенчестве.
Двоевластие