Суеверные люди поговаривали, что голод и похолодание не были случайными явлениями. Их послал Бог в качестве наказания за какие-то преступления государя. Кое-кто припомнил загадочную смерть царевича Дмитрия в Угличе и обвинения Нагих в адрес Годунова. Получалось, что тот вполне мог быть цареубийцей — самым страшным преступником на свете.
В 1603 году оказалось, что далеко не все голодающие бежали на юг. Молодые и крепкие мужчины, имевшие оружие, объединялись в шайки и стали промышлять разбоями на больших дорогах. Даже около Москвы стало опасно передвигаться. Один атаман разбойников по имени Хлопко был настолько дерзок, что царю пришлось послать против него вооруженный отряд стрельцов. Во время ожесточенного сражения воевода И. Ф. Басманов был убит, но и атаману не поздоровилось — он был схвачен и казнен.
Сложная ситуация заставила Годунова издать указ о том, что холопы могут считать себя свободными, если хозяин их не кормит. Таким образом, многие зависимые люди на вполне законных основаниях обрели свободу и устремились в донские степи. Так начало формироваться донское казачество, занимавшееся и военным делом, и земледелием. Оно никому не платило налогов и не подчинялось, но за хорошую плату было готово служить любому и сражаться за его интересы даже с самим царем. Несомненно, противники Годунова прекрасно знали об этом.
Несчастья преследовали Бориса Федоровича. В 1602 году скончались сразу два видных боярина и полководца из числа его близких родственников: И. В. Годунов и Б. Ю. Сабуров. Вместе с ними ушли в мир иной надежные окольничие А. П. Клешнин и С. Ф. Сабуров, а также постельничий И. О. Безобразов, служивший еще царю Федору. В следующем году государя постигла еще большая утрата — умерла царица-инокиня Ирина-Александра. Ее очень любили и уважали в народе, а для брата она всегда была надежной опорой и мудрой советчицей. При ней власть избранного государя казалась вполне законной, а без нее права Годунова на престол многим стали представляться сомнительными. Ведь сам он с царями в родстве не состоял…
Одряхлел и главный наставник Бориса — дядя Д. И. Годунов. Он часто болел и почти не появлялся на заседаниях Боярской думы. Сам правитель тоже состарился и страдал от разных заболеваний. Особенно мучительными были приступы подагры, во время которых он едва мог передвигаться, поддерживаемый со всех сторон боярами.
Для стороннего наблюдателя было очевидно, что правление первого народного избранника близилось к завершению. Избиратели все больше и больше разочаровывались в нем и постепенно сознавали, что на Земском соборе их попросту обманули. Царя не любили абсолютно все: знать, духовенство, простые люди. Они готовы были променять его на любого другого претендента на московский трон, даже с сомнительными правами и прошлым. Это, видимо, было хорошо известно тем, кто разработал самозванческую авантюру и воскресил давно умершего царевича Дмитрия.
Уже в конце 1603 года по Москве поползли слухи о том, что в Речи Посполитой живет молодой человек, называющий себя сыном Ивана IV Дмитрием. Польская знать признала его законным наследником российского престола и была готова поддержать его. Даже король Сигизмунд III официально встретился с «царевичем» и выделил крупную сумму на его содержание.
Эти сообщения необычайно изумили царя. Конечно, он подозревал, что многие представители знати его не любят и поэтому строят козни, однако восставший из могилы Дмитрий до сих пор казался ему лишь чьей-то глупой шуткой. Борис Федорович тут же помирился с патриархом Иовом и поручил ему через православных литовцев выяснить имя наглого самозванца.
Очень скоро было установлено, что царевичем назвался беглый чудовский монах Григорий Отрепьев. Когда-то он служил у бояр Романовых, но потом принял постриг и даже стал келейником самого патриарха. Зимой 1602 года с несколькими другими монахами он совершил паломничество в Киев, скинул там монашескую одежду и начал служить местным князьям. С их помощью или по чьему-то наущению он и превратился вдруг в царского сына.
Поначалу Годунов решил просто разоблачить самозванца и отправил в Речь Посполиту дядю Гришки, дьяка Смирного Отрепьева. Однако «царевич» отказался с ним встретиться. Не помогли и личные письма к королю. Сигизмунд почему-то не хотел верить русскому монарху и продолжал поддерживать авантюриста. Это уже было похоже на какой-то заговор.
Тогда Борис попытался выяснить, насколько велика военная сила у «Дмитрия». Оказалось, что под его знамена встало лишь около двух тысяч шляхтичей и несколько тысяч запорожских и донских казаков. Такое войско показалось царю совсем не страшным. Ведь он мог собрать более 100 000 хорошо вооруженных дворян. В беседе с австрийским послом царь даже заявил, что разобьет противника одним перстом.