Сразу после похорон было официально объявлено о том, что новыми правителями страны становятся царица Мария Григорьевна и царевич Федор Борисович, причем сначала произносили имя вдовы. Для знати это оказалось полнейшей неожиданностью, поскольку Федор уже давно заменял отца и вполне был способен править самостоятельно. Царица же прежде никогда не вмешивалась в государственные дела и вряд ли хорошо в них разбиралась.
Вскоре это стало совершенно очевидно всем. Новые государи, вместо того чтобы активизировать борьбу с Лжедмитрием и принять в ней непосредственное участие, занялись подготовкой к венчанию на царство и приведением населения к присяге.
Из стоявшего под Кромами войска были отозваны опытные и не склонные к предательству воеводы: Ф. И. Мстиславский, В. И. иД. И. Шуйские. На замену им были отправлены М. П. Катырев-Ростовский, обладавший сложным и неуживчивым характером, и только что получивший боярство П. Ф. Басманов. Надо отметить, что оба они не пользовались бесспорным авторитетом среди воинов. Кроме того, были составлены новые росписи главных воевод полков, которые возмутили буквально всех. Знатный князь М. Ф. Кашин не желал оказаться ниже менее родовитых М. Г. Салтыкова и П. Ф. Басманова. З. И. Сабуров отказывался служить под началом В. В. Голицына и А. А. Телятевского. Телятевский, зять С. Н. Годунова, полагал, что должен быть выше рангом даже князя Гедиминовича Голицына, а Басманов, наоборот, считал его много ниже себя. В итоге все воеводы отказались выполнять свои прямые обязанности и потребовали, чтобы московские правители их рассудили. Однако вместо судей прибыл новгородский митрополит Исидор с целью привести войско к присяге новым государям. Это, конечно, никому не понравилось.
Лжедмитрий через своих сторонников внимательно следил за ситуацией в царском войске. Он понял, что ему может принести успех скорее умелая агитация, нежели кровопролитные бои. Действительно, очень скоро среди воевод начались шатания. Многие пришли к выводу, что служить «прирожденному царевичу» гораздо выгоднее, чем биться за ненавистных Годуновых, имевших к тому же весьма сомнительные права на престол. Инициаторами массовой измены стали князья Голицыны — Василий Васильевич и его брат Иван Васильевич. Во время предполагавшегося штурма крепости Кромы 7 мая они приказали арестовать всех родственников и сторонников Годуновых. Сами же на кресте поклялись верно служить «Дмитрию Ивановичу».
Бежать в Москву удалось только М. П. Катыреву-Ростовскому, М. Ф. Кашину и А. А. Телятевскому. Они рассказали новым государям об измене войска, надеясь, что те примут действенные меры для своего спасения. Однако и Мария Григорьевна, и Федор Борисович продолжали оставаться в состоянии оцепенения. Казалось, они приняли на себя роль жертвенных агнцев и кротко ожидали смерти. Это, видимо, понял и Лжедмитрий, поэтому он и отправил в столицу не войска, а двух дворян — Григория Пушкина и Наума Плещеева. Утром 1 июня они прибыли в подмосковное село Красное и зачитали местным жителям грамоту от «истинного сына царя и великого князя Ивана Васильевича», в которой тот рассказывал о невзгодах и несчастьях, выпавших на его долю по вине Бориса Годунова, о жестокостях умершего государя, об отсутствии у того законных прав на корону. Грамота завершалась такими словами:
«Поскольку Годуновы неправедно завладели царством, то их следует схватить и держать в заточении до приезда истинного государя».
Содержание грамоты настолько воодушевило жителей села, что вместе с Пушкиным и Плещеевым они бросились в столицу. Там на Лобном месте при большом стечении горожан вновь была зачитана грамота Лжедмитрия. На собравшихся она также произвела большое впечатление. С криками все бросились в Кремль, схватили Марию Григорьевну, Федора и Ксению, отвели их на старый боярский двор Бориса и приставили к ним охрану. Арестованы были и другие Годуновы, а имущество их подверглось разграблению.
Восставшие бесновались целый день, громя все вокруг. Так они выражали накипевшую ненависть к умершему монарху. В заключение его тело было выброшено из Архангельского собора и безо всяких почестей перевезено в бедный Варсонофиевский монастырь, располагавшийся на окраине города.
Народный гнев обрушился и на патриарха Иова. Его подворье было разорено, а сам он подвергся всяческим оскорблениям. Потом по приказу самозванца Иова свергли с патриаршего престола и отправили в один из монастырей Старицы. Возможно, лжецаревич опасался, что архипастырь опознает его и публично назовет Григорием Отрепьевым.
Знать была настолько напугана восстанием, что решила немедленно отправиться на поклон к Лжедмитрию. К этому времени он перенес ставку в Тулу и оттуда следил за событиями в Москве. Желая проверить преданность своего нового окружения, он отправил в столицу В. М. Мосальского и В. В. Голицына с несколькими стрельцами. Им было поручено приготовить все необходимое для встречи «законного наследника царской короны». Кроме того, они должны были решить судьбу низвергнутых правителей.