Реабилитировать себя Василий Иванович смог только после успешного расследования трагического происшествия в Угличе — гибели царевича Дмитрия. Руководимая им комиссия пришла к выводу, что царский сын случайно зарезался во время припадка эпилепсии. Это снимало всякое подозрение в причастности к случившемуся государевых людей, обвиненных матерью Дмитрия М. Ф. Нагой. После этого Шуйские вновь стали приглашаться ко двору и пользоваться расположением государя. Но еще больше укрепила их положение женитьба Д. И. Шуйского на Екатерине Григорьевне Скуратовой-Бельской — сестре жены Бориса Годунова, Марии. После воцарения Бориса Федоровича в 1598 году князья уже стали считаться достаточно близкими родственниками нового государя. Но охваченному властолюбием Василию Ивановичу этого было мало. Втайне мечтая о престоле, он ждал подходящего момента для достижения желаемого. При этом он даже был готов рисковать жизнью, зная, что выступление против любого монарха, даже незаконного, может закончиться дай него плахой.
Судьба наградила редкостное бесстрашие князя и 17 мая 1606 года послала ему удачу. Самозваный царь Дмитрий был свергнут с престола и убит. Во избежание недоуменных вопросов со стороны москвичей им было позволено ограбить поляков из свиты Марины Мнишек и вдоволь покуролесить, правда только один день. Уже 18 мая по приказу бояр стрельцы начали наводить в столице порядок. Одновременно в Кремле собралась Боярская дума для решения главного вопроса — об управлении страной.
По сложившейся традиции при отсутствии царя главой правительства должен был стать патриарх. Но ставленник самозванца Игнатий был низвержен с престола и посажен под арест в Чудов монастырь. Прежний патриарх Иов пребывал в Старице. Он был уже стар, болен и слеп. Для избрания нового главы церкви следовало собрать Освященный собор из представителей высшего духовенства. Но на это не было времени — государство не могло долго находиться в состоянии безвластия.
Еще сложнее было избрать законного государя. Для этого нужно было собрать представительный Земский собор с выборщиками от всех значительных городов. Созыв такого выборного органа мог затянуться на несколько месяцев. К тому же В. И. Шуйский вряд ли мог рассчитывать на то, что избиратели поддержат его кандидатуру По меркам того времени он был уже немолод — ему исполнилось 54 года, не имел ни жены, ни детей, а значит, не мог основать династию. Бездетными были и его два младших брата.
Выборщикам из провинции вряд ли могла понравиться совсем не царская внешность Василия Ивановича. Он был человеком невысокого роста, с подслеповатыми слезящимися глазами. Современники замечали, что хотя князь был хорошо образован и умен, но при этом отличался крайней скупостью и упрямством. К себе приближал только шептунов, которые приносили ему различные сплетни или наговаривали на других людей. Их он встречал с радостью и с удовольствием выслушивал. К тому же он интересовался колдовством значительно больше, чем воинским делом.
Естественно, что при таких качествах В. И. Шуйский вряд ли был достоин царского престола, но, тем не менее, он вполне устраивал многих бояр. Во-первых, потому, что сами они находились в очень щекотливом положении, признав откровенного самозванца и авантюриста подлинным царским сыном, посадив его на престол и с радостью принимая от него чины и награды. Любой честный властитель мог призвать их к ответу, лишить пожалований и начать расследование самозванческой авантюры. Шуйский же обещал никого не трогать и ничего не менять в придворной иерархии. Во-вторых, он был готов сам разрешить все недоуменные вопросы жителей провинциальных городов о московских событиях и навести в стране порядок. Это представлялось не таким уж простым делом, учитывая, что на Волге хозяйничал некий самозванец Петруша, приглашенный «дядей Дмитрием» в Москву (Петруша называл себя сыном царя Федора Ивановича и, значит, приходился Лжедмитрию племянником). В западных городах было много явных сторонников свергнутого лжецаря, освобожденных им от налогов. За «Дмитрия» были готовы сражаться и лихие донские казаки, обласканные им и приближенные к трону.
Словом, у нового правителя неизбежно возникало много сложнейших проблем, которые следовало решить как можно быстрее, чтобы удержаться на престоле. Опытные бояре это прекрасно понимали, поэтому и не стали останавливать рвавшегося к власти князя Шуйского, а лишь потребовали подписать Ограничительную грамоту, несколько урезающую полномочия царя в пользу Боярской думы. Воцарившись, новый монарх не имел права никого наказывать или казнить без согласия бояр; ему было запрещено мстить даже личным врагам или противникам рода. Василий Иванович не стал спорить с боярами и подписал все необходимое, зная, что после воцарения никому подчиняться уже не будет. О своих прежних обещаниях он попросту забудет.