Интересно отметить, что сражавшиеся ныне за «царя Дмитрия» князья А. А. Телятевский и В. Ф. Мосальский при первом самозванце находились в противоположных лагерях: первый входил в родственный круг царя Бориса и поэтому находился в опале, второй же был ближайшим родичем одного из любимцев лжецаря — В. М. Мосальского Рубца. В то же время за царя Василия бились мнимые родственники первого Лжедмитрия — Нагие и его выдвиженцы И. Н. Романов, Б. М. Лыков, Ф. И. Шереметев, Б. П. Татев и другие. Получалось, что московская знать не верила в воскресение «сына Ивана Грозного», но каждый ее представитель действовал, исходя из собственных интересов, «ловя рыбку» в мутной воде междоусобия. Для некоторых такая политика оказалась смертельно опасной. Погиб не только В. Ф. Мосальский, но и Б. П. Татев, который когда-то сдал Лжедмитрию Царев-Борисов, открыв путь к столице. Много воинов с обеих сторон полегли в битвах под Алексином, Дедиловом, Каширой…
Наконец, после ожесточенных боев в начале мая 1607 года А. А. Телятевский прорвал осаду Калуги й позволил болотниковцам отойти к Туле. К этому времени в городе не оставалось ни продовольствия, ни боеприпасов и положение восставших было плачевным.
В это время Шуйский не только копил силы для решающего удара по восставшим, но и стремился всячески сплотить подданных вокруг своего трона.
В феврале 1607 года была вновь устроена публичная акция, призванная напомнить москвичам о прежних предательствах и отвратить их от новых. В Москву привезли бывшего патриарха Иова, который составил Разрешительную грамоту, отпускающую горожанам их грехи, главными из которых значились свержение его, законного первоиерарха, и надругательства над ним. Грамоту размножили и разослали по церквам, где она была публично зачитана. 20 февраля москвичам предложили собраться в Успенском соборе и лично встретиться с Иовом. Увидев слепого и дряхлого патриарха, горожане с воплями припадали к его ногам и причитали: «Прости! Прости! Во всем виноваты, честной отец! Прости нас, грешных, и помолись за нас перед Господом Богом!»
Царь Василий надеялся на то, что новое публичное покаяние навсегда отвратит его подданных от измены. Как показало время, он просчитался. Весной 1607 года Смута в России только начинала набирать обороты. Главные бедствия и развал страны были еще впереди. Кровавая междоусобица ждала своих жертв.
Успехи Болотникова, знакомого с европейским военным делом, показали царю Василию, что боевой опыт его воевод явно недостаточен. Он повелел на основе переводных трудов составить «Устав ратных дел» и ознакомить с ним ведущих полководцев. Новые сведения должны были помочь им в борьбе со сторонниками самозванческих авантюр.
Для улучшения материального положения рядового дворянства Шуйский издал несколько законов, касающихся крестьян и холопов — главной рабочей силы в помещичьих хозяйствах. Прежде всего, срок сыска беглых крестьян был увеличен с пяти до пятнадцати лет. Отныне владельцы имели право вернуть себе тех крестьян, которые были записаны за ними в писцовых книгах 1592 года, — именно в том году происходила перепись населения страны. За укрывательство беглецов полагался крупный штраф, а разыскивать их предписывалось представителям царской администрации. Второй указ касался добровольных холопов, то есть тех людей, которые по собственной воле поступали на службу к представителям высшей знати. Их запрещалось кабалить, то есть превращать в рабов. Отныне добровольные холопы имели право прекращать срок своей службы по собственному усмотрению. Это были преимущественно выходцы из обедневшего дворянства, которыми царь намеревался пополнить свое войско.
Собирая огромную армию для окончательного разгрома Ивана Болотникова и Петруши, царь Василий испытывал серьезные материальные трудности, ведь царская казна была истощена еще Лжедмитрием I. Приходилось забирать ценности у монастырей, увеличивать таможенные пошлины на Севере и в Сибири, налагать значительные штрафы на уклонявшихся от службы дворян. Войско стало активно пополняться «даточными людьми», экипировать которых были обязаны монастыри. Богатых купцов заставляли давать царю деньги в долг. В частности, Строгановым за крупный заем позволено было даже «писаться с отчеством», хотя это считалось привилегией князей и бояр.
Усилия царя принесли свои плоды — в мае 1607 года удалось собрать почти стотысячное войско. Его смотр должен был состояться под Серпуховом. Не надеясь на воевод, Шуйский решил лично его возглавить. Руководство основными полками он доверил родственникам и надежным людям. Во главе самого важного Большого полка встал опытный и удачливый полководец князь и боярин М. В. Скопин-Шуйский. Помощником к нему был определен И. Н. Романов. В Рязани к ним со своими отрядами должны были присоединиться князь и боярин Б. М. Лыков и получивший думное дворянство П. П. Ляпунов.