Гермоген устраивал царя во всех отношениях. Он активно боролся за чистоту православия (это было главным лозунгом самого Шуйского), обладал безупречной репутацией, пользовался всеобщим уважением и уже перешагнул семидесятилетний рубеж, то есть был значительно старше самого государя. На его фоне даже слишком зрелый возраст монарха не был столь заметен подданным. К тому же Гермоген, происходя из семьи вятского посадского человека, ни родственных, — ни дружеских связей с представителями высшей знати не имел, а поэтому никак не мог оспаривать у царя верховную власть, как, к примеру, Филарет, который позже стал всесильным соправителем своего сына — царя Михаила Федоровича Романова.
Гермоген пользовался широкой известностью задолго до Смутного времени. Ему довелось участвовать в открытии и прославлении чудотворного образа Казанской Божией Матери. Произошло это в 1579 году в Казани. В то время архипастырь был еще священником Ермолаем, служившим в местном Никольском храме. Икону обнаружили при разборе сгоревшего дома одного из стрельцов. Она нисколько не пострадала от огня, и это свидетельствовало о ее особой святости. С большим почетом образ перенесли в Никольский храм и установили на самом видном месте. После того как множество болящих начали получать от него исцеление, местный архиепископ повелел Ермолаю написать сказание о явлении чудотворной иконы и вместе с ее копией отвезти в Москву. Царь Иван Грозный щедро наградил священника и отправил богатые пожертвования в Никольский храм.
В 1587 году, поставив на ноги детей, Ермолай принял постриг в кремлевском Чудовом монастыре под именем Гермогена. В Казани он сначала был назначен архимандритом Спасо-Преображенского монастыря, а потом И казанским архиепископом. В 1589 году, после учреждения Московской патриархии, стал митрополитом. Свои обязанности Гермоген с честью исполнял долгие семнадцать лет — и всегда был любим и почитаем паствой.
Став в июне 1606 года московским патриархом, он сделался верным помощником Василия Шуйского, никогда ему не изменял и всегда поддерживал в трудные минуты. Для царя это было очень важно, поскольку очень скоро трон под ним зашатался.
В августе 1606 года полки Ивана Болотникова двинулись из Путивля к столице. Восставших активно поддерживали жители не только западных городов и Комарицкой волости, но и расположенного на юге Ельца. Там находились большие запасы боеприпасов, оружия и продовольствия, собранные еще Лжедмитрием I для похода на Азов. Опасаясь, что пока еще разрозненные силы болотниковцев вот-вот объединятся, Шуйский направил против них сразу несколько отрядов. Князь Ю. Н, Трубецкой должен был остановить Болотникова под Кромами, князю и боярину И. М. Воротынскому следовало взять мятежный Елец, боярину Ф. И. Шереметеву предписывалось подавить восстание в Астрахани. Однако все царские воеводы потерпели сокрушительное поражение. Сначала был разгромлен Трубецкой, потом, страшась окружения и развала войска, покинул окрестности Ельца Воротынский. После нескольких безуспешных атак был вынужден отойти от Астрахани и Шереметев. Ему пришлось зазимовать на небольшом волжском островке, так как астраханцы постоянно совершали против него лихие вылазки.
Следует отметить, что этот южный волжский город во главе с воеводой И. Д. Хворостининым категорически отказался подчиняться Василию Шуйскому и весь период Смуты сохранял верность покойному Лжедмитрию. Ф. И. Шереметеву пришлось оставить безуспешные попытки по взятию Астрахани и отправиться к Казани и Нижнему Новгороду. Здесь его действия оказались более успешными, поскольку нижегородцы пытались даже собственными силами навести порядок на Средней Волге.
Около Москвы ситуация становилась все более тревожной. После победы под Кромами к ней двигалась постоянно увеличивающаяся армия Болотникова. Одним из первых на сторону восставших перешел рязанский воевода П. П. Ляпунов, возглавивший местную дружину. Его примеру последовали жители Тулы, Каширы и Венева. Их объединенные войска возглавил веневский воевода Истома Пашков.
Царь Василий знал о грозившей ему опасности, но сделать ничего не мог — в столице не было достаточного количества войск, чтобы остановить болотниковцев. Отправленные навстречу восставшим малочисленные полки под руководством брата царя И. И. Шуйского около Калуги были разгромлены. Битва состоялась 23 сентября 1606 года. После нее на сторону Ивана Болотникова перешли еще несколько городов. Только отважному полководцу М. В. Скопину-Шуйскому удалось на Пахре приостановить победоносное шествие болотниковцев, но его победа не принесла ощутимой пользы, поскольку около Коломны произошло объединение всех сил восставших. Стратегически важный город, охранявший подступы к Москве с юга, был захвачен и разграблен.