Сначала, опираясь на поддержку новгородцев, М. В. Скопин попытался было освободить от тушинцев соседний Псков. Хотя два сражения ему удалось выиграть, город все же остался в руках у «воровских» воевод. На организацию длительной осады Пскова у Михаила Васильевича не было времени, поэтому он двинулся по направлению к столице.
По пути ему удалось взять Старую Руссу, Торопец и Торжок. Дальше на пути лежала хорошо укрепленная Тверь, за которую разгорелись ожесточенные бои. Яков Делагарди, мечтавший о громких победах, хотел во что бы то ни стало взять этот город, но Скопин не мог задерживаться и распылять свои силы. В итоге между полководцами вспыхнула ссора, которая привела к тому, что шведы решили вернуться в Новгород. Русские же отряды двинулись к Городне. Понимая, что с Делагарди необходимо помириться, Михаил Васильевич отправил к нему несколько дворян во главе с И. Одадуровым. Не сразу шведы поддались на уговоры, но, поупрямившись, все же решили не губить общее дело.
Тем временем М. В. Скопин прибыл с полками в Калязин монастырь и на время сделал его своей ставкой. Сюда стали подвозить из северных городов деньги, продовольствие и порох. К Москве было решено двинуться по Ярославской дороге. Первым к Переславлю-Залесскому отправился воевода С. Коробьин, но ему не удалось очистить город, поскольку в нем находились многочисленные отряды польского полководца П. Сапеги. Более того, поляки и литовцы бросились вслед за русским воеводой и попытались взять Калязин монастырь. Обманным маневром Михаил Васильевич заманил польских гусар в болото около речки Жабка и там перебил их. После этого Са-пега отступил к Москве, позволив освободителям двинуться дальше.
Переправившись через Волгу, Скопин определил своей новой ставкой Ярославль. Отправленные им дружины вскоре освободили Вологду, Каргополь, Кострому, Вятку и Тотьму. В это же время Ф. И. Шереметев успешно освобождал от тушинцев Среднее Поволжье. Из своей ставки в Нижнем Новгороде он совершал рейды к Владимиру, Суздалю и другим городам. Планировалось, что на подступах к столице Скопин и Шереметев объединят свои рати.
Еще одним центром борьбы с тушинцами была Рязанщина. Здесь воевода П. П. Ляпунов смог очистить от «воров» Зарайск, Пронск и Михайлов. В помощь ему из Москвы был прислан Д. М. Пожарский, который стал зарайским воеводой.
Летом 1609 года, когда казалось, что помощь уже близка, под царем Василием вновь зашатался трон. Недовольные длительной осадой, голодом и лишениями, москвичи начали бунтовать. Многие из них уже не желали служить непопулярному старому государю и были готовы переметнуться на сторону «царя Дмитрия». Защищать Шуйского отваживался только патриарх Гермоген. Он смело выходил к толпе на Красной площади и опровергал все обвинения в адрес царя. При этом он убеждал всех в том, что никто другой не может быть надежным защитником православной веры и Божиих церквей.
Один раз мятежники смогли прорваться в царский дворец. Подступив к трону, они стали требовать, чтобы Василий Иванович снял корону и отдал скипетр. Но отважный Шуйский не испугался. Гневно вскочив, он закричал грозно: «Как вы посмели, клятвопреступники, ворваться в мои покои? Вы же давали клятву на кресте, что будете мне верно служить! Если хотите меня убить — то, пожалуйста, я готов. Но свести меня с престола без воли бояр, патриарха и всей земли вы не имеете права!»
Подоспевшие стрельцы быстро разогнали смутьянов. Боясь наказания, те были вынуждены бежать в Тушино. Там ситуация тоже не была благостной. Соперничество между знатными поляками достигло наивысшего накала. Меховецкий был убит, а его место занял Р. Рожинский. Желая верховодить во всем, он начал рассылать по российским городам своих сборщиков налогов. Это возмутило многих. Перебив поляков, они отправили гонцов в Москву с сообщением о переходе на сторону царя Василия.
Хорошие вести несколько приободрили Шуйского, и он даже решил привлечь к себе извечных врагов — крымских татар. Отправленные к хану дипломаты попросили крымцев ударить по южным городам, находившимся в руках у тушинцев. Кочевники с воодушевлением принялись разорять окрестности Орла, Оскола и Ливен. Страдать от их набегов пришлось простым людям, но противоборствовавших «полуцарей» это нисколько не беспокоило. Каждый думал исключительно об укреплении собственной власти.
В сентябре 1609 года М. В. Скопин-Шуйский выступил из Ярославля к Москве. Первым его шурину С. В. Головину удалось взять Переславль-Залесский. Об этом тут же сообщили в столицу. Радостные москвичи тут же начали трезвонить во все колокола, а патриарх Гермоген отслужил торжественный молебен в Успенском соборе Кремля.
В октябре полководец-освободитель был уже в Александровой слободе. Отсюда он отправил отряды к Кашину, Старице, Ржеву, Белой, Бежецкому Верху и освободил их. Наконец-то была снята шестнадцатимесячная осада с измученного Троице-Сергиева монастыря.