Главная атака началась в ночь на 1 апреля. Ляпунов ударил у Яузских ворот, Трубецкой и Заруцкий — со стороны Воронцова поля, Волконский, Волынский, Козловский и Мансуров — у Покровских ворот, Измайлов и Просовецкий — у Сретенских ворот, Мосальский-Литвинов — у Тверских. Тяжелые бои продолжались до 6 апреля, но полякам все-таки пришлось отступить в Китай-город и Кремль и занять там оборону.
Во время сражений многие воеводы продемонстрировали личное мужество и военный опыт. Особенно прославился П. П. Ляпунов, которого стали называть властителем всего московского воинства и сравнивали со львом.
Вскоре территория Белого города превратилась в огромный военный лагерь. Каждый отряд стоял отдельно со своим воеводой во главе и оборонял определенный участок. Однако на военный совет собирались все. Высшим органом власти считался Совет всей рати, но для решения текущих проблем было создано временное правительство, состоявшее из трех воевод: тушинского боярина князя Д. Т. Трубецкого, тушинского боярина И. М. Заруцкого и думного дворянина П. П. Ляпунова. В помощь им было создано несколько приказов: Разрядный занимался служебными назначениями и росписями полков, Большой приход ведал сбором налогов с территории, подчинявшейся ополченцам, Большой дворец занимался сбором доходов с бывших царских владений, Разбойный осуществлял борьбу с разбоями и грабежами, а Земский ведал всевозможными делами, касающимися управления городами.
Во главе приказов были поставлены опытные дьяки. Фактически в ополчении появились свои органы власти, дублирующие московские. Они понадобились для того, чтобы окончательно изолировать боярское правительство и наилучшим образом снабжать войско продовольствием и боеприпасами.
Боярское правительство пыталось дискредитировать ополченцев в глазах простолюдинов. Через сторонников короля Сигизмунда они рассылали грамоты, в которых называли восставших смутьянами и крамольниками, вступившими в борьбу с законными властями.
Чтобы опровергнуть эти утверждения, ополченцы решили составить своеобразный свод законов, которым все обязаны были подчиняться. Он был назван «Приговор всей рати». Согласно этому документу, руководить всеми делами должны были Трубецкой, Заруцкий и Ляпунов. В их ведении оказались: разработка военных планов, поддержание воинской дисциплины, снабжение воинов всем необходимым и так далее. Цель борьбы определялась так: «Стоять за дом Пресвятой Богородицы и за православную христианскую веру против разорителей веры христианской, польских и литовских людей».
Получалось, что они действовали по призыву патриарха Гермогена, который являлся главой страны, так как царский трон не был занят, а следовательно, их действия становились законными и обоснованными.
В «Приговоре» был подробно рассмотрен вопрос о наделении воинских людей землей, поскольку в то время она считалась своеобразной платой за службу. Ляпунов предложил давать каждому такое количество земли, какое было у него при прежних государях. Все пожалования самозванцев и короля изымались и раздавались тем, у кого ничего не было. Дворцовые земли отписывались в особое ведомство. Земли изменников и московских бояр поступали в распоряжение Поместного приказа. Доходы с них использовались на общие нужды.
Однако зафиксированное в «Приговоре» распределение земель устроило далеко не всех. Особенно недоволен был И. М. Заруцкий, полагавший, что имеет право на огромные земельные владения, хотя раньше у него вообще ничего не было. Возмущались и бывшие тушинцы, терявшие щедрые пожалования «царика». Но Ляпунов, вставший во главе Поместного приказа, не пожелал удовлетворить их претензии.
Еще больше споров возникло по поводу сбора продовольствия. Прокопий Петрович считал, что этим должны заниматься дворяне вместе со стрельцами и казаками. Для этого из соответствующего приказа им следовало получить указ с перечнем названий населенных пунктов и количества собираемого. Заруцкий же полагал, что казаки имеют право брать все необходимое в любых местах и никакого контроля над их деятельностью быть не должно. В итоге набеги казаков на монастыри, села и деревни превращались в настоящие грабежи и разбои. Узнав об их самоуправстве, Ляпунов вынес этот вопрос на Совет всей рати. После долгих совещаний решили, что казаки-разбойники, застигнутые на месте преступления, должны тут же наказываться без суда и следствия. Ополченцам было важно не дискредитировать себя в глазах мирного населения и тем самым не оттолкнуть его от себя.
Разношерстный состав ополчения привел к тому, что внутри него начал назревать конфликт. Городовые воеводы стремились жить по прежним законам и хотели восстановить старые порядки. Атаманы же и казаки полагали, что с оружием в руках имеют право диктовать свою волю мирным людям. Они стремились получить власть и обогатиться, хотя раньше не имели на это права.