Серьезные разногласия вызвал вопрос о судьбе царского престола. Заруцкий с тушинцами хотели посадить на него Марину Мнишек с сыном Иваном, а городовые воеводы категорически возражали против этого. Среди них даже возник план войти в соглашение с новгородцами, которые после захвата Новгорода шведами 16 июня 1611 года признали своим правителем шведского королевича Карла-Филиппа.
Для переговоров в Новгород был отправлен князь И. Ф. Троекуров. Это вызвало возмущение у Заруцкого, считавшего себя покровителем Марины Мнишек и ее сына.
Вскоре произошел инцидент, внесший раскол в лагерь ополченцев. Объезжая окрестности столицы, воевода И. Плещеев узнал, что 28 казаков из ополчения грабят Николо-Угрешский монастырь. Он тут же приказал своим воинам схватить их и с камнями на шеях бросить в воду. Товарищи казаков выловили их, и все вместе они отправились к атаманам с жалобой на Плещеева. Собрался казачий круг, на который для разбирательства пригласили и Прокопия Петровича. Ведь именно он приказал воеводам без суда и следствия расправляться с грабителями.
Ляпунов со своими сторонниками бесстрашно прибыл к казакам и попытался было объяснить им, что нельзя подрывать доверие к себе бесчинствами. Однако никто не захотел его слушать. Наученные Заруцким казаки принялись кричать, что Прокопий слишком груб и заносчив, гнушается общением с рядовыми воинами, игнорирует их просьбы и все дела решает единолично, сидя за закрытыми дверями в приказной избе. Для казаков, привыкших все важные дела обсуждать на сходках, это казалось неприемлемым.
Такие обвинения возмутили Ляпунова, и он решил уехать из лагеря домой на Рязанщину. Городовые воеводы узнали об этом и бросились его догонять. Под Симоновым монастырем состоялось совещание, во время которого Ляпунова все же удалось уговорить вернуться: ведь в ополчении именно он был лидером дворян и представителей городов, которые не хотели подчиняться ни тушинскому боярину Трубецкому, ни бывшему атаману Заруцкому.
На время в лагере восстановился мир. Но покровитель Марины Мнишек не желал успокаиваться. Для дискредитации Прокопия он пошел на явный подлог — изготовил фальшивую грамоту, в которой от имени Ляпунова приказывалось городовым воеводам уничтожать всех казаков. Эту фальшивку подбросили казачьим атаманам. Те возмутились и потребовали воеводу к ответу, но на этот раз Прокопий Петрович решительно отказался идти на казачий круг. По совету друзей он остался в расположении своего отряда и усилил охрану. Тогда к нему прибыли два авторитетных атамана — С. Толской и Ю. Потемкин — и пообещали, что не дадут его в обиду. Вместе с тем они сказали воеводе о том, что ему следует убедить казаков в своей невиновности, иначе среди ополченцев может возникнуть вражда.
Не чувствовавший за собой никакой вины Ляпунов отправился с несколькими сторонниками в ставку Заруцкого и смело вышел к казакам. Однако ему не удалось вымолвить ни слова: разъяренные казаки, заранее подготовленные бывшим атаманом, набросились на него и зарубили саблями. Вместе с ним погиб и рязанский дворянин И. Ржевский.
Это печальное событие, случившееся 22 июля 1611 года, вызвало негодование у большинства городовых воевод. Они не захотели «быть в соединении» с казаками и покинули лагерь в Белом городе, что существенно ослабило силы ополченцев. К тому же верховную власть захватил И. М. Заруцкий, который начал диктовать всем свою волю, присвоил значительные земельные владения, в том числе и дворцовые, принялся забирать большую часть доходов для личных нужд и официально объявил, что в случае победы на престол взойдет Марина Мнишек с сыном Иваном.
Все это стало известно в Москве. Патриарх Гермоген тут же написал грамоту о том, что проклинает «верен ка Ивана», поскольку тот — сын неизвестного бродяги и никаких прав на царский престол иметь не может. Оставшихся ополченцев он обозвал «Казачьей армией», с которой истинные Патриоты не должны были иметь ничего общего.
Таким образом, надежда на скорое избавление Москвы от польских интервентов рухнула. Национально-освободительное движение оказалось под угрозой полного развала. Из лагеря в Белом городе ушли дружины Кашина, Дмитрова, Ростова, Мурома, Владимира, Юрьева-Польского, Нижнего Новгорода, Пошехонья, Вологды, Галича, Архангельска, Костромы, Переславля-Залесского, Брянска, Воронежа, Волхова, Звенигорода и Рязани.
Пока Заруцкий обогащался и упивался властью, Д. Т. Трубецкой пытался остановить распад первого ополчения. Он стал рассылать грамоты в западные города, которые после оккупации Сигизмундом Смоленска в начале июня 1611 года оказались под угрозой оккупации поляками. На его призывы откликнулись дворяне Алексина, Белой, Козельска, Медыни, Вязьмы и Боровска.
Но в целом авторитет первого ополчения был существенно подорван. Жители многих городов перестали присылать для него продовольствие и деньги, а казанцы и пермяки даже начали призывать всех объявить войну «русским ворам», то есть казакам из Первого ополчения.