Этим проискам и усилиям Шемяки в. к. Василий противопоставит не только ратную силу. Он отдал свои раздоры с князем Дмитрием на суд освященного собора, которому представил докончальные и перемирные грамоты Шемяки и доказательства нарушения им всех основ «одиначества». Духовенство выступило против Шемяки с пространным обличительным посланием, налагая на него отлучение, если он не исправится по всем статьям крестоцеловального «докончанья». Это выступление духовенства закрепляло за великим князем общее мнение правящих кругов. По поставлении своем на митрополию Иона разослал окружную грамоту, обращенную к князьям, боярам, воеводам и всему «христоименитому людству» об изменах князя Дмитрия и отлучении, наложенном на него всем освященным собором, если он возобновит свои покушения на великого князя, «на христианское нестроение и кровь»448. В то же время в. к. Василий рядом договоров изолирует Шемяку в княжеской среде. Можайский князь Иван Андреевич связал свою судьбу с Шемякой, но соглашение в. к. Василия с Борисом Тверским заставило обоих князей искать мира при посредничестве князей Михаила Андреевича и Василия Ярославича449. Но «докончанье» состоялось на этот раз только с Иваном Можайским, который примирился с великим князем при посредничестве и под гарантией тверского великого князя Бориса450. Однако князь Иван не порвал еще с Шемякой и, видимо, настаивал на включении в мирные соглашения и его451. В начале 1448 года при возобновлении враждебных действий между в. к. Василием и Шемякой Иван Можайский снова становится на сторону противников великого князя. Широкие планы еще не улеглись. Князь Иван ведет переговоры с литовским великим князем Казимиром, как Шемяка с татарами, ища союза для захвата великого княжения: князь Иван обязался уступить Казимиру Ржеву и Медынь, если тот посадит его на «великом княженьи на московском»452. Но реальная его обида была в том, что он лишился Бежецкого Верха, добытого в пожалование от великого князя; и в. к. Василию удалось опять отделить князя Ивана от Шемяки возвратом ему этого владения453, чтобы затем покончить с ними порознь. Одиноко тянул Шемяка еще несколько месяцев свое безнадежное сопротивление. Против него стоял теперь князь великий в мире со всеми силами Великороссии, хотя и не достиг еще властного распоряжения ими. Отношение тверского великого князя к московским делам можно назвать отношением дружественного к в. к. Василию нейтралитета. С рязанским великим князем Василий Васильевич в договоре, по которому в. к. Иван Федорович признает себя «братом молодшим» великому князю всея Руси, отказывается от самостоятельных внешних сношений и обязуется держать полное «одиначество» в отношении ко всем друзьям и недругам454. Брат Ивана Можайского верейский князь Михаил Андреевич отделился от брата, как только тот встал на сторону Шемяки, и сидел на своих верейских и белозерских волостях верным подручником, «молодшим братом» великого князя, который снял в 1447 году на два года уплату «выхода» с его владений и придал к ним «в вотчину и в удел» половину Заозерья и еще сто деревень455. Верным подручником в. к. Василия был и Василий Ярославич, последний отпрыск серпуховского княжеского дома, снова объединивший в одном владении серпуховскую отчину; и он получил «в удел и в вотчину» Дмитров и Суходол.
Покинутый даже Иваном Можайским, Шемяка сохранил некоторую надежду на Новгород, по крайней мере как последнего пристанища. Великий Новгород, широко развивший практику «кормления» у себя пришлых князей, и великорусских, и литовских, дорожил свободой своих отношений, не вмешиваясь в усобицу князей и вытекавшие из нее вражды. В Новгород и ушел Шемяка, когда в 1450 году в. к. Василий закончил борьбу с ним завоеванием Галича и «наместников своих посажал по всей отчине той». Новгородцы приняли к себе беглого князя, приняли и вторично, когда он вернулся после неудачной попытки захватить Устюг456. Не повлияли на новгородцев и настояния митр. Ионы, что Дмитрий Шемяка не может быть принят в общение как отлученный от церкви по своим деяниям и что Новгород дает ему не только убежище, но и опору для враждебных действий, так как набег на Устюг он учинил, оставив в Новгороде семью свою и всю свою казну457.
Бурная эпопея Шемяки закончилась только его «напрасной» смертью – в июле 1453 года – от «лютого зелья», подосланного московским великокняжеским двором458.