Смерть Шемяки развязала ему руки. Великий князь не замедлил использовать ближайший повод, чтобы покончить с Иваном Можайским. Принятый в «любовь и докончанье», пожалованный и своей отчиной, и наделом из отчины великого князя, он уклонился от выступления против татар, разорявших набегами Русскую землю, и за такое его «неисправление» в. к. Василий пошел на Можайск, занял княжение Ивана Андреевича, посадил на его вотчине своих наместников, а князь бежал с семьей в Литву459. Что дело шло не только о расплате за прежние деяния и новые подозрения в умыслах «крамолы», показывает судьба серпуховского князя Василия Ярославича. Нашлись «неисправления» и за этим верным сторонником в. к. Василия. Василий Ярославич получил от великого князя значительное расширение своих владений; по-видимому, после бегства в Литву Ивана Можайского к нему перешел Бежецкий Верх, бывший за этим князем, с придачей еще и Звенигорода460. Возможно, что на почве домогательств более широкого наделения со стороны князя Василия Ярославича возникли трения, но знаем только, что он в июле 1456 года «пойман» на Москве и сослан в Углич; его сын Иван и вторая жена бежали в Литву. Василий Ярославич долго томился в заключении – до самой смерти, постигшей его только в 1483 году461; незадолго до кончины в. к. Василия возник в связи с планами князей-изгнанников, нашедших убежище в Литве462, заговор серпуховских детей боярских и дворян об освобождении их князя из угличского заключения, но «обличися мысль их», и жестокая расправа поразила воображение москвичей новыми проявлениями грозной власти463.
И на суздальских князей легла тяжкая рука великого князя. Еще при жизни Шемяки в. к. Василию удалось, видно, внести разделение в среду этих князей; суздальские Юрьевичи на стороне Шемяки, а сохранился договор в. к. Василия с князем Иваном Васильевичем, их троюродным братом, по прозвищу Горбатый, который за обязательство не приступать к Шемяке, а быть неотступно при в. к. Василии под карой лишения в пользу великого князя и его детей всего «удела и вотчины» и под угрозой митрополичьего неблагословения пожалован Городцом (волжским) и вотчиной своей в Суздале, какой владел и отец его464. Источники наши умалчивают о дальнейшей судьбе этих владений; знаем только, что брат князя Ивана, Василий, прозвищем Гребенка, который с 1448 года княжил во Пскове под рукой великого князя, в 50-х годах, уже после смерти Шемяки, участвует в борьбе с великим князем во главе войск Великого Новгорода465. И Вятку, служившую в смутные годы источником боевых сил Шемяки, в. к. Василий привел «во всю свою волю» посылкой на вятчан рати своей в 1458–1459 годах466. Скудость источников не дает полного представления о ликвидации смуты Василием Темным. Много в наших летописных сводах недомолвок и умолчаний о событиях этой тяжкой поры. Но общий итог – ясен. В. к. Василия можно назвать единодержцем в пределах московско-владимирских великокняжеских владений; верейская удельная вотчина князя Михаила Андреевича столь же мало нарушает это единодержавие, как уделы князей Андрея Ивановича и Владимира Андреевича при Василии III и Иване Грозном.
Опираясь на это ядро своих великокняжеских владений, Василий Васильевич укрепляет свою власть над Новгородом, Псковом и Рязанью.
В 1456 году в. к. Василий поднялся на Новгород со всеми князьями воеводами и со множеством воинства за новгородское «неисправление», что новгородцы у него не «в послушании» и держат у себя «его лиходеев, изменников». Поход принудил новгородцев к покорному челобитью, уплате контрибуции великому князю «за его истому» и к Яжелбицкому договору, который в определенной форме восстановил принадлежность Новгорода к составу великого княжения467. Новгородцы обязались держать великое княжение «честно и грозно» и «пошлин» великокняжеских не утаивать; эти пошлины изложены в особой грамоте, а важнейшие из них: на грамотах Великого Новгорода «печати быта князей великих», а «вечным грамотам не быти»; восстановить великокняжеский суд на Городище – от великих князей боярин судьею «от Новагорода боярин», а если эти судьи разойдутся в решении, то конец делу учинит великий князь с посадником, когда будет в Новгороде; у наместников великого князя суда не отнимать, а в Новгороде и по его волостям судебные позвы выполнять должны вместе позовники великого князя и новгородские; восстановить в общей норме право великого князя на черный бор, «коли приведется взяти князем великим черный бор»; «лиходеев» великого князя впредь в Новгород не принимать; Новгород князьям великим держать «в старине по пошлине», как она определяется в статьях договорных грамот468.