Софья Андреевна еще раз продемонстрировала свою способность отражать страшные удары судьбы. Она совсем оправилась и доказала дочери, что у нее хватит сил урезонить Черткова, вступившего с ней в схватку. Газеты «Русское слово», «Речь», «Русские ведомости» пестрели статьями и обращениями с обеих враждовавших сторон. Узнав об этом, дочь Таня писала матери из Рима: «Я бы во имя любви и памяти мужа, не выносившего борьбы и ненависти, и для того, чтобы спасти и удержать дочь от недостойной и позорящей ее борьбы с родной матерью, я открыла бы ей двери музея и отдала бы на ответственность ее (и общества) сохранность рукописей».
Действительно, дочь Таня оставалась «чистой» от всяческих газетных скандалов. Но Софья Андреевна предпочитала действовать по — своему, не желая уступать «враждебным силам». Поэтому «дело о рукописях» разрасталось, кочуя от председателя совета Исторического музея Н. С. Щербатова к министру просвещения Л. А. Кассо, от них — к министру юстиции И. Г. Шегловитову. Чувствуя слабость юридической аргументации своих интересов, Софья Андреевна пыталась передать рукописи в Академию наук, от которой, в лице А. А. Шахматова, она получила на то согласие. Дело, наконец, попало в Сенат. За это время она успела найти свидетелей, которые могли подтвердить, что муж сам подарил ей свои рукописи, которые она хранила в Историческом музее. Чертков тоже не молчал, опубликовал свои аргументы, а Саша напечатала свои «объяснения».
В 1913 году Сенат подвел черту под этим спором, сделав заключение, что он «не вправе входить в обсуждение того, кому именно принадлежит хранящийся в Историческом музее материал», а будет только обсуждать «законность действий музея, наложившего арест на имущество, не имея на то специальных распоряжений судебных органов». В декабре 1913 года обсуждалась жалоба Софьи Андреевны на министра Кассо, но дело было отложено из‑за отсутствия кворума, только в октябре следующего года Сенат предложил министру просвещения «незамедлительно снять арест с рукописей и выдать их в распоряжение гр. С. А. Толстой». Что ж, эта тяжба, не ею спровоцированная, наконец закончилась ее победой.
Теперь Софья Андреевна, легко вздохнув, занялась активной реализацией нераспроданных собраний сочинений мужа через Сытина, который выкупил у нее остатки всех изданий за 100 тысяч рублей. Деньги она раздала сыновьям, а любимой дочери Тане взяла банковский билет в 20 тысяч рублей. Со временем она ограничила свои издательские дела, которые все больше переходили в руки тридцатилетней Саши. Из‑за Черткова, общением с которым все больше тяготилась, дочь продала свой дом в Телятинках и купила небольшой хутор вблизи Ясной Поляны, названный ею «Новой Поляной». Таким образом, мать и дочь становились ближайшими соседями, что накладывало на них дополнительные обязательства мирного сосуществования.
Их общими усилиями в Ясной Поляне была построена великолепная купальня, усадьба снова наполнилась смехом и весельем, свойственными Саше. В июне 1914 года они отметили день рождения младшей дочери, пили шоколад, ели пироги, фрукты, сладости, много гуляли по окрестностям Ясной Поляны. Все были очень довольны. Но вскоре началась Первая мировая война, Саша записалась на курсы сестер милосердия, отправилась в Москву, а потом в санитарном поезде отбыла на фронт. Кроме дочери из семьи Софьи Андреевны были взяты на действительную военную службу сын Михаил, двое внуков, детей Ильи, а Лев отправился на театр военных действий в качестве помощника главноуполномоченного Красного Креста. Илья же уехал на войну в качестве корреспондента столичной газеты.
Яснополянская усадьба опустела. Война потребовала от Софьи Андреевны забот о поставках лошадей, фуража, кормов, всего не перечесть, что ей приходилось приобретать по дорогой цене для собственного хозяйства. Для стареющей хозяйки Ясной Поляны это было досадным и убыточным делом. А однажды темной октябрьской ночью в усадьбу нагрянула полиция, которая арестовала Валентина Булгакова, помогавшего ей описывать их семейную библиотеку, а потом забрали еще и Маковицкого. Оказалось, что они совместно с другими толстовцами подписали пацифистское обращение: «Опомнитесь, люди — братья!» От Софьи Андреевны и ее детей посыпались телеграммы и ходатайства в различные инстанции. Спустя год под залог, внесенный Сашей, был освобожден Булгаков, а потом и «Душа Петрович», которые вскоре были совсем оправданы.