Интересно, что в это же время представители партии «Яблоко» заявляли о том, что союз с СПС невозможен, поскольку у двух партий нет никаких точек соприкосновения. Однако в случае выхода Сергея Кириенко и его сторонников из состава СПС подобное объединение выглядело гораздо более реальным.
Тем не менее Чубайс тоже выступил с осторожной критикой Путина, хотя эта критика и не была связана с терактом на Дубровке. Глава РАО ЕЭС завуалированно обвинил президента в том, что тот стремится к пересмотру результатов приватизации, объяснив это «негативным влиянием» на Путина не кого иного, как Александра Солженицына.
Так, в интервью журналу «Коммерсантъ-Власть» Чубайс обвинил «старца-диссидента» в том, что он является идейным вдохновителем «наезда» Путина на олигархов.
Станислав Белковский расценивает это и последующие заявления Чубайса против Солженицына, «настраивающего» президента на отмену результатов приватизации, как часть продуманной игры главы РАО ЕЭС, имеющей целью сохранить либеральную идентичность СПС.
Предупреждения Чубайса о возможной атаке на олигархов тем не менее оправдались осенью 2003 года. В октябре 2003 года был арестован Михаил Ходорковский. Правые отреагировали на это событие весьма болезненно. Лидер СПС Борис Немцов направил в Генпрокуратуру личное поручительство за главу ЮКОСа и ходатайство об изменении ему меры пресечения. Зампред фракции СПС в ГД Борис Надеждин в своей критике власти за «дело Ходорковского» пошел еще дальше: он заявил журналистам, что арест Ходорковского является
В первые месяцы после ареста Ходорковского в либеральной среде была популярной версия о том, что глава ЮКОСа поплатился за заявления о финансовой поддержке СПС и «Яблока» на приближающихся парламентских выборах.