Так или иначе, но идея создания «либеральной империи» после событий октября 2003 года была вытеснена на периферию идеологического поля правых, оставшись личной инициативой главы РАО ЕЭС. После ареста Ходорковского любые разговоры об «империи» прочно ассоциировались в сознании правых с усилением роли спецслужб, репрессиями и так далее.
Этот сюжет вызвал очередное обострение отношений СПС и «Яблока». Полемика Чубайса и Явлинского в программе «Основной инстинкт» о «либеральной империи» дала толчок дискуссии на страницах либеральной прессы, перешедшей границы допустимого. Опубликовав статью Татьяны Толстой «Пушкин и Минкин», «Новая газета» с горечью констатировала, что вынуждена закрыть
В целом к концу 2003 года положение правых в российской политической системе серьезно ухудшилось. Парламентский кризис зимы 2000 года определил то место, которое готов был закрепить за правыми Кремль – это было положение «полупериферийных участников» проправительственной коалиции. Некоторое время правые оставались полезными федеральной власти, хотя им и не позволяли реально влиять на политический процесс. Их вклад был ограничен влиянием на экономическую политику и посредническими функциями во взаимоотношениях власти и либеральной оппозиции («дело НТВ»).
Однако действия правых, обусловленные как личными амбициями их лидеров, так и идеологической разнородностью их коалиции, привели к тому, что они оказались в оппозиции к федеральному центру. Идеологическое размежевание в стане правых привело к краху проекта 1999 года. Тогда избиратели голосовали не столько за либеральную партию, сколько за молодых динамичных политиков, ассоциировавшихся с будущим страны. Критика федеральных властей, ставшая лейтмотивом выступлений лидеров СПС с 2002 года, не могла рассматриваться в качестве позитивного проекта будущего.
8 сентября 2003 года съезд СПС утвердил списки кандидатов (общефедеральный и по округам) в Государственную Думу четвертого созыва. В первую тройку вошли Борис Немцов, Ирина Хакамада, Анатолий Чубайс, московскую группу кандидатов возглавил Егор Гайдар.
На парламентских выборах 2003 года либералы потерпели сокрушительное поражение. СПС получил 3,97 процента голосов избирателей, «Яблоко» -4,3 процента. Обе партии не прошли в Госдуму и оказались отброшенными на обочину политического процесса.
По мнению члена московского отделения СПС Леонида Полякова,
В обществе был востребован не только антиолигархический, но и патриотический дискурс, который не могли предложить избирателю правые. Не могли совершенно осознанно – идеи «либерального патриотизма» и «прагматического либерального консерватизма», выразителями которых были Чубайс и Кириенко, не находили поддержки среди усилившихся внутри партии «старых демократов», опиравшихся на Немцова и Хакамаду.