Годы процветания (1613-1693)... После нормализации обстановки в стране с 1621 года началось восстановление монастыря... Работы проводились по царскому указу мастерами, присланными из Москвы (Иван Неверов и другие), а также «каменщиками московскими, костромскими, ипатскими и богоявленскими». В дальнейшем строительные работы в монастыре велись в основном силами каменщиков и кирпичников, проживавших в расположенной возле монастыря Ипатьевской, или Богословской слободе...
В конце 1652 года на месте разрушенного взрывом был отстроен новый, ныне существующий Троицкий собор... Начавшиеся было работы по росписи Троицкого собора были прерваны, вероятно, из-за морового поветрия 1654 года и возобновлены только три десятилетия спустя, в 1685 году. Во второй половине XVII века костромскую артель иконописцев возглавил Гурий Никитин, крупнейший мастер монументальной живописи этого времени. Клеймо на северной стене содержит перечень имен художников-иконописцев, принимавших участие в росписи храма...
В XVII веке в стенах монастыря было написано много рукописных книг: евангелия, минеи с житиями святых, чудеса иконы Феодоровской Богоматери, синодики... Неизвестно, каким образом попала в библиотеку Ипатьевского монастыря драгоценнейшая рукопись, названная по месту ее нахождения Ипатьевской летописью. Здесь она хранилась до 1814 года, когда была найдена Н.М.Карамзиным. Ипатьевская летопись написана в начале XV века, как полагают, в Пскове...
Время упадка (1693-1744). «Начало славных дней Петра» было разрушительным для Ипатьевской обители. В 1693, 1699 и 1700 годах снимается часть колоколов, которые вместе с медными котлами пересылаются в Москву для ратного дела... В 1721 году вновь назначенный архимандрит Гавриил писал в грамоте, адресованной Священному Синоду: «Нашел в Ипатьевском монастыре все ветхое... врата распалися и столпами деревянными подперты, всего же разорения обители вкратце и описать невозможно»...
Монастырь впервые стал использоваться как место ссылки...
В связи с учреждением в 1744 году Костромской епархии монастырь стал резиденцией архиерея, и монастырские здания теперь использовались в качестве служебных помещений и под архиерейские покои. В связи с этим в середине и во второй половине XVIII столетия монастырь перестраивается...
В 1767 году во время путешествия по Волге на галере «Тверь» Кострому удостоила своим посещением императрица Екатерина II. Во время посещения особое внимание было уделено Ипатьевскому монастырю как колыбели династии Романовых...
7 октября 1834 года костромское духовенство и граждане города встречали у стен монастыря императора Николая I. Император внимательно осмотрел ризницу обители и келий, где проживал Михаил Федорович с матерью. Он повелел восстановить эту «знаменитую по свершившимся в ней событиям обитель и обновить все здания сего монастыря». Так уже в марте 1835 года Ипатьевский монастырь был возведен в степень первоклассного. По повелению Николая I была выполнена переделка фасада архиерейских келий. В 1842 году были завершены работы по реставрации Романовских палат архитектором Тоном, а в 1856 повелением императора Александра II палаты вновь были реставрированы в стиле XVII века.
Последующие три императора удостоили монастырь своим посещением по два раза... Александр II — в 1837 и в 1858 годах, Александр III — в 1866 и в 1881 годах и Николай II — в 1881 и в 1913 годах.
В 1913 году отмечалось 300-летие царствования Дома Романовых. Юбилей праздновался в Петербурге, Москве, других городах, но одним из главных мест проведения торжеств стала Кострома (рис.206, рис.207 —
Рис.206.
Рис.207.