Потомок бедных галицийских евреев, он родился от 2-го брака Якоба Фрейда, которому было 40 лет. Якоб вот-вот должен был стать дедом мальчика, родившегося у его сына от первого брака Эммануила. Мать Зигмунда – Амалия Натансон была на 20 лет моложе мужа. Восемь месяцев спустя после рождения Зигмунда – золотого Зиги, как называла его мать, Амалия снова ждала ребёнка и когда родился братик Юлиус, Зиги ревновал мать к нему, а смерть Юлиуса полгода спустя вызвала в нём раскаяние, что проявлялось впоследствии в его снах. У Якоба и Амалии, кроме Зиги, было ещё в живах пятеро дочерей и один сын, к тому же неподалёку жила семья взрослого сына Эммануила и его сын (племянник Зиги) Джон был всего на пару месяцев старше Зигмунда.
Таким образом, Фрейд в детстве на себе испытал все варианты взаимоотношений в семье: сводный брат на 20 лет старше, он сам – дядя– на 2 месяца моложе племянника плюс куча младших сестер и братьев с целым букетом детских ревностей, притеснений и обид, да ещё старый отец первоначально мало обращавший на него внимание.
Вероятно, весь этот детский опыт послужил материалом для создания его теорий о детской сексуальности, подавленных страхах, фантазиях, неосуществленных желаниях и, в конечном итоге, неврозах и различных фобиях. Многие нынешние и современные ему биографы и исследователи считают, что его работы о гомосексуальности Леонардо Да Винчи, «О Маленьком Гансе» с Эдиповым комплексом, о «Крысином человеке» с его снами о крысах и работа о «Волчьем человеке» с кошмарами о белых волках – все эти статьи и работы несут в себе не только и не столько анализ пациентов, сколько самоанализ детских впечатлений самого Фрейда, который полагался на собственную интуицию и убедил себя, что полученные результаты универсальны. Кроме того, его обвиняли в том, что он «навязывает анализируемым свои ассоциации и подсказывает несуществующие воспоминания»… В книге «Толкование сновидений» (1899–1890 гг.) он пишет, что некоему пациенту приснилось, что служанка воровала, а мать это подтвердила, что он играл на лугу одуванчиков с Джоном и Полиной (племянниками-детьми), что мальчишки украли цветы у Полины, и, как анализировал Фрейд, его память скрывает нечто менее невинное. Он приписал это воспоминание безымянному пациенту в работе «Покрывающие воспоминания» (1899 г.), но этим пациентом был сам Фрейд, как выяснил после его смерти его последователь 3. Бернфельд.
Игры на лугу и кража цветов (дефлорация) по толкованию Фрейда – это запретные фантазии об изнасиловании и первой брачной ночи, скрытые в подсознании, вытесненные, замещенные в воспоминаниях сюжетом о похищенных цветах и тем самым ставшие приемлемыми: ОНО – тёмные желания подсознания, Я – субъект воспоминаний и сновидящая личность и Сверх-Я – нравственная сторона личности, заменяющая непристойные желания невинным похищением цветов.
В 1860 году семья Фрейдов переселяется в Вену, где Зигмунд прожил всю жизнь, эмигрировав в Англию от Гитлеровского рейха лишь в июне 1938 года, заплатив Рейху выкуп под названием «налог» в сумме 31329 рейхсмарок, каковую сумму помогла ему выплатить его пациентка и последовательница принцесса Мария Бонапарт; позже он возвратил ей долг. Взрослые же сыновья от первого брака в год переезда Якоба с семьёй в Вену уехали в Англию. Перед этим разъездом одних в Вену, других в Англию, в 1859 году матери Зигмунда Амалии было 23, её пасынку Филиппу – 24, а мужу Якобу – 44 года и существует предположение, основанное на довольно шатких доказательствах, что между пасынком и молодой мачехой была тайная связь, что, может быть и послужило причиной переезда. Фрейда могли смущать в детстве эти отношения, а они были не единственным «скелетом в шкафу» в семье Фрейдов – его сводные братья в Англии были связаны с уголовным делом о фальшивых деньгах, производство которых наладил брат Якоба – Иосиф, в 1866 году его судили в Вене за то, что он напечатал целое маленькое состояние в русских рублях и посадили в тюрьму на 10 лет. На суде упоминались компрометирующие письма от братьев из Англии о перевозке фальшивых денег.