В 1882 году Брейер рассказал ему о пацентке Анне О. (настоящее имя Берта Паппенгейм), у которой истерия выражалась в параличе конечностей, потере слуха и зрения, нарушениями пищеварения и приступами кашля. Метод лечения Брейера состоял в основном в том, чтобы дать ей выговориться, добиваясь воспоминаний о причинах и времени появления симптомов, после чего и, как им казалось, в результате чего симптомы исчезали. Этот метод «проговаривания» и последующего «катарсиса» (очищения) и считается толчком к началу развития психоанализа. Случай этой пациентки был описан вместе с ещё 4-мя случаями в совместной работе Брейера и Фрейда " Очерки по истерии". Эта Берта Паппенгейм (Анна О.) "несчастная дочь богатых родителей», мучимая видениями и кошмарами, долго лечилась у Брейера и вызвала такую ревность у его жены Матильды, что Брейер был вынужден прекратить лечение, в результате чего у Берты начались на следующий день истерические роды(ложная беременность). Брейер снял этот приступ гипнозом и уехал с женой в Венецию от греха подальше. Дальнейшая судьба Берты Паппенгейм подтверждает теорию Фрейда о " сублимации сексуальной энергии": она в тридцать лет занялась работой в социальной сфере Германии. Её темой стали вопросы проституции, продажи женщин в публичные дома и детской беспризорности; признанием её заслуг явился выпуск почтовой марки с её изображением в 1946 г. в ФРГ.
Готовя к публикации «Очерки по истерии», Фрейд настаивал на акцентировании сексуальной неудовлетворенности, как причине истерии, Брейер же настоял этого не делать, т. к. не придавал сексу такого значения, как Фрейд и не хотел «выпячивать секс». К 1896 году взгляды и дружба
Фрейда и Брейера разошлись, но завязалась дружба и многолетняя переписка с Вильгельмом Флисом с его идеями детской сексуальности, бисексуальности и интересной идеей о физиологической связи носа с гениталиями. Эти идеи разделял и развивал и Фрейд, но до определенного временного и исследовательского предела, впоследствии они разошлись и Флис стал в глазах Фрейда «параноиком», как любой, с ним несогласный.
В 1884 году Фрейд начал экспериментировать с кокаином на себе, своих друзьях и даже невесте. Он считал, что кокаин лечит нервное истощение, невралгию, сердечные болезни, бешенство и диабет. В письме он пишет Марте, что «стал принимать маленькие дозы от депрессии и несварения желудка и добился прекрасных результатов». Он шлёт кокаин Марте, чтобы она «стала крепче и румянее». Кокаином он лечил богатого друга и заимодавца Флейшля фон Марксов от пристрастия к морфию. Фрейд пишет статью «О коке» и ещё ряд статей на эту же тему (последняя в 1887 г.), где признает наконец, что кокаин для морфинистов может быть опасен (Флейшль к 1885 году излечился от морфия, но пристрастился к кокаину).
А врачи и психиатры стали обвинять Фрейда в том, что он помог выпустить на свободу «бич человечества»; Флейшль же умер в 1891 году и его призрак снился Зигмунду, о чём он пишет в «Толковании сновидений», а его портрет до сих пор висит над знаменитой кушеткой. Но самым обидным для Фрейда с его честолюбием стало то, что летом 1884 г., когда он был полон энтузиазма по поводу кокаина, его более молодой коллега по больнице, офтальмолог Карл Коллер, открыл то, что Фрейд упустил из виду: приём кокаина орально ведёт к онемению рта и губ и, упомянув в разговоре с Коллером об онемении тканей, Фрейд натолкнул того на мысль применять это вещество для местной анестезии при операциях на глазах, о чём Коллер, проделав ряд опытов, опубликовал статью, закрепившую за ним это открытие, пока Зигмунд ездил к невесте в Гамбург.
Итак, открыв свою клинику, Фрейд начал приём пациентов, которых первоначально направляли ему коллеги и друзья; три четверти из них были женщины, а все вместе – представители буржуазноинтеллектуального общества. Это не означало, что среди мелких служащих, рабочих и ремесленников не было неврозов и фобий, у них просто не было денег, т. к. психоанализ удовольствие длительное и дорогостоящее. Фрейд практиковал до конца июля 1939 г., буквально за два месяца до смерти, и вёл приём по 8-10 часов в день, иногда поддерживая силы кокаином и играя в свободное время в карты, каковое развлечение он очень любил. За столь долгую практику он совершенствовал и углублял метод психоанализа, опубликовал массу научных работ, статей, лекций и написал тысячи писем коллегам, друзьям и родственникам; основная часть его переписки находится в Библиотеке Конгресса США. Из переписки известно, что Фрейд считал себя кандидатом на Нобелевскую премию, но так её и не получил; экстраординарным профессором он стал в 1897 году по рекомендации проф. Крафт-Эбинга, автора «Сексуальной психотерапии», который критически относился к Фрейду, но дал ему рекомендацию.