После того как восставшие индейцы разбили испанский отряд, посланный усмирять их, восстание начало принимать большие размеры, и губернатор двинул на его подавление все свои военные силы. Повстанцы, вооруженные мачете (большие ножи), луками и отчасти охотничьими ружьями, не смогли устоять против большого испанского войска. Восстание было подавлено. Колониальные власти запугивали индейцев кровавыми расправами. На главной площади Мериды вождь восстания Хасинто Кан Эк' был растерзан раскаленными щипцами, восемь его соратников повешено, а двести других участников восстания получили по 200 ударов плетью.
Провозглашение независимости Мексики и Гватемалы в 20-х годах XIX в. ничего не изменило в положении индейских народных масс. Территория расселения майя оказалась разрезанной новыми государственными границами. Обезземеливание и нищета индейского населения продолжали увеличиваться. В 40-х годах XIX в. в Юкатане вспыхнуло крупнейшее восстание индейцев, переросшее в борьбу за независимость и получившее название "войны рас" (La Guerra de Castas). В это время креолы — помещики Юкатана — вели с переменным успехом борьбу за отделение от Мексики, стремясь образовать независимое государство. В военных действиях против мексиканцев принимали участие и индейцы, призванные в войска юкатанских сепаратистов. Благодаря этому многие индейцы оказались вооруженными.
В середине 1847 г. индейцы составили заговор, во главе которого стояли Сесилио Чи (касик Ичмуля), Хасинто Пат и Бонифасио Новело. Власти узнали о подготовке восстания, перехватив письмо Сесилио Чи к влиятельному касику Антонио Ай. Последний был схвачен и расстрелян. Губернатор приказал арестовать индейских вождей. Это послужило сигналом к восстанию. Юкатанское правительство пыталось приостановить его жесточайшим террором. Военный Совет в Мериде за несколько дней расстрелял более 200 индейских касиков и должностных лиц и более 100 сослал на каторгу. Правительственные отряды жгли селения и расстреливали жителей. Но террор только придал восстанию больший размах. Индейские вожди действовали независимо друг от друга, что дробило силы восставших. Сесилио Чи выдвинул программу полного изгнания белых из Юкатана и восстановления доиспанских порядков. Хасинто Пат выступал с более умеренной программой, имея главной целью добиться уступки индейцам определенной территории.
В результате успешного наступления индейские войска заняли Сотуту, Вальядолид и Исамаль, и к середине 1848 г. почти весь Юкатан оказался в их руках, кроме Мериды и узкой полосы вдоль западного берега. Юкатанские власти, лишившись территории и населения, то пытались вести переговоры с восставшими, то обращались к великим державам с мольбами защитить их от "варваров". Наконец, мексиканское правительство, встревоженное волнениями индейцев в самой Мексике, согласилось помочь юкатанским властям, потребовав от них отказа от сепаратистских попыток. В конце 1848 г. мексиканские войска начали контрнаступление. В это время из-за внутренних распрей погибли выдающиеся индейские вожди Сесилио Чи и Хасинто Пат. Мексиканским войскам удалось оттеснить восставших индейцев в юго-восточную часть Юкатана. Эта область еще полвека оставалась независимой. В результате зверского избиения жителей мексиканскими войсками численность населения в Юкатане сократилась наполовину.