На втором этапе, когда Советская Армия перешла в наступление, нагрузка на транспорт значительно возросла. Систематически увеличивалась протяженность сети. Парк подвижного состава за 1941—1942 гг. не пополнялся. В связи с ухудшением материально-технического снабжения транспорта сократились не только поставки, но и капитальный ремонт подвижного состава, вследствие чего увеличилась изношенность паровозов и вагонов. В этих условиях увеличение рейса вагона и времени оборота подвижного состава при продолжающемся в 1943 г. росте дальности перевозок вызвало недостаток подвижных средств. Поэтому в 1943 г. была проведена большая работа по восстановлению паровозоремонтных и машиностроительных заводов НКПС. 5 ноября 1942 г. было принято постановление ГКО «О восстановлении производства паровозов на заводах Наркомтяжпрома и НКПС»
1312. В течение 1943 г. парк товарных вагонов увеличился на 56 тыс. единиц, а паровозов — на 2 тыс. штук 1313. В 1944—1945 гг. основная часть капитальных затрат на новое строительство была сосредоточена на производстве вагонов и паровозов.Кроме того, Советский Союз импортировал 1860 паровозов, некоторое количество рельсов, запасных частей для подвижного состава. Однако в общей численности паровозного парка импортные паровозы составили незначительную долю.
Огромные разрушения, причиненные фашистской Германией транспорту, необходимость его бесперебойного функционирования для успешного ведения наступательных операций Советской Армии обусловили направление значительных средств на восстановление транспортных коммуникаций уже в ходе войны. Удельный вес затрат на восстановительные работы в 1943 г. составил почти 50% общего объема капиталовложений транспортной отрасли, в 1944 г. — 60% и в 1945 г. — 56%. При этом на заключительном этапе войны были сильно увеличены капитальные вложения в такие отрасли железнодорожного транспорта, как путевое и паровозное хозяйство. Если общие размеры единовременных вложений в транспорт в 1945 г. приблизились к довоенным (они составили 91% от уровня на 1940 г.), то вложения в развитие хозяйства пути и паровозного хозяйства в 2 раза превысили довоенные размеры. Это вызывалось тем, что изношенное за годы войны путевое хозяйство стало сдерживать скорости движения, развитие весовых норм поездов, нормальную эксплуатацию паровозного парка.
Значительные размеры капитального строительства привели к росту основных производственных фондов транспорта, которые увеличились по сравнению с 1942 г. в 1943 г. на 4%, в 1944 г. — на 22%, а в 1945 г. — на 30%
1314. Уже в 1942 г. объем капитального строительства превысил (по сравнимой территории) объем 1940 г. В восточных районах он был выше довоенного уровня на 35%, что свидетельствует об успехах расширенного воспроизводства даже в условиях войны 1315.Форсированное сооружение новых магистралей объяснялось необходимостью постройки линий, имеющих важное народнохозяйственное значение, связывающих сырьевые районы с промышленными центрами; задачами оборонного значения, когда осуществлялось сооружение линий, обеспечивающих доставку к фронту большого количества вооружения, войск, боеприпасов, продовольствия; необходимостью привести в соответствие пропускные способности железных дорог тех районов, где сеть не справлялась с возросшими грузопотоками. Производились большие строительные работы по сооружению обходов, подъездных путей, соединительных ветвей, расширению и реконструкции узлов и станций.
Основными районами крупного транспортного строительства в годы войны были Европейский Север, Поволжье, Урал, Западная Сибирь, Казахстан и Средняя Азия. Советское государство провело в период Великой Отечественной войны громадные строительные работы в Уральском, Западно-Сибирском, Казахстанском и Среднеазиатском экономических районах, где мощность транспортной сети необходимо было привести в соответствие с объемами промышленного производства. Здесь еще до войны наметилось некоторое отставание транспорта от развития производства. В военный период, когда на Урале было размещено 667 эвакуированных предприятий, в Поволжье — 226, в Западной Сибири — 244, Восточной Сибири — 78, Казахстане и Средней Азии — 308, это стало насущной необходимостью
1318.