Вместо этого его стали планомерно готовить к разведывательно-диверсионной работе в тылу противника, на оккупированной территории. Его зачислили в только что сформированную Особую группу при наркоме внутренних дел СССР. Впоследствии она была преобразована в IV управление НКВД. Возглавлял группу Павел Судоплатов, старший майор госбезопасности, имевший личный опыт нелегальной работы за рубежом. Управление формировало и отправляло в тыл врага небольшие партизанские отряды, которые уже на местах пополнялись за счёт местных жителей и выходивших из окружений бойцов. Подготовка была весьма напряжённой — Николай изучал структуру вермахта, его уставы, традиции и обычаи, порядки, взаимоотношения военнослужащих, вооружение и многое, многое другое.
Тем не менее время тянулось для Кузнецова слишком медленно. Осенью 1941 года он был наконец командирован на фронт. Здесь его забросили в тыл немецкой 9-й армии, входившей в группу армий «Центр». Выполнив разведывательное задание, Николай несколько дней спустя перешёл линию фронта. Этим он лишний раз подтвердил свою профпригодность — и был снова отправлен в Москву. Никто не хотел рисковать ценнейшим кадром без веской на то причины.
Проходил месяц за месяцем, закончились трагические отступления, вермахт потерпел поражение под Москвой. Со сложными чувствами смотрел на это Кузнецов: его младший брат давно сражался на фронте, а он, получается, отсиживается в тылу... Как бы всю войну не просидеть!.. И Николай бомбардирует начальство рапортами следующего содержания: