В 1901 г. А. Букейханов женился на Елене Севастьяновой — дочери журналиста Якова Севастьянова, с которым он работал в издании «Степной край». В 1902 году у супругов рождается дочь Елизавета, в 1910 г. — сын Сергей.
Политическая деятельность А. Букейханова началась в 1905 году, когда он вступил в партию конституционных демократов (кадетов) и принимал меры по созданию ее казахского отделения в Уральске и Семипалатинске. В 1905 г. он был избран депутатом I Государственной думы от Семипалатинской губернии. В том же году Букейханов был в первый раз арестован по обвинению в призывах к гражданскому неповиновению, но содержание под стражей было недолгим. После роспуска I Госдумы он работал в Омске редактором партийных газет кадетов «Голос степи», «Омич», «Иртыш».
В 1908 г. в Петербурге сотрудничал с меньшевистской газетой «Товарищ», а также кадетскими газетами «Речь» и «Слово». В 1908 г. Букейханов был арестован за политическую деятельность и в 1909–1917 гг. находился в ссылке в Самаре. В 1912–1917 гг. был членом ЦК кадетской партии.
Во время Первой мировой войны, в июле 1916 г. на территории Туркестанского и Степного краев началось Туркестанское восстание, спровоцированное указом императора Николая II от 25 июня 1916 года о принудительном привлечении на тыловые работы в прифронтовых районах мужского «инородческого» населения в возрасте от 19 до 43 лет. 17 июля 1916 г. в Туркестанском военном округе было объявлено военное положение. Восставшие жгли деревни русских переселенцев, казаков, рабочих. Призыв местного населения на тыловые работы был отсрочен до 15 сентября 1916 г., однако это не остановило восстания в крас. Не помогли и призывы лидеров местного движения «Алаш» А. Букейханова и А. Байтасурова не оказывать сопротивления, чтобы уберечь безоружный народ от жестких репрессий. Букейханов и Байтасуров неоднократно пытались убедить администрацию не спешить с мобилизацией, провести подготовительные мероприятия, а также требовали обеспечить свободу совести, «правильную постановку просветительского дела», организовать обучение казахских и киргизских детей на родном языке, учредить местные газеты, прекратить выселение с исконных земель, допустить представительство местного населения в высшие органы власти[180]
.После Февральской революции 1917 г. Букейханов вышел из партии кадетов. В период Временного правительства с апреля по октябрь 1917 г. он занимал должность комиссара Временного правительства в Тургайской области и одновременно был членом Чрезвычайной комиссии Туркестана. В июле 1917 г. Букейханов и его ближайшие соратники А. Байтурсунов и М. Дулатов выступили с инициативой создания казахской партии «Алаш», призванной объединить представителей казахской буржуазии и интеллигенции. Основной задачей партии было создание национальной автономии Казахстана в составе Российского государства. На выборах в Учредительное собрание «Алаш» как самостоятельная политическая партия выдвигала своих кандидатов. Делегаты от партии в Учредительном собрании, в числе которых был и Букейханов, намеревались добиваться объявления автономии Казахстана. «Алаш» блокировалась и с другими националистическими партиями (Татарии, Башкирии и др.), боровшимися за автономию национальных областей. Основой этих блоков были: совместное требование от Учредительного собрания автономии национальных областей, всемерная поддержка Временного правительства и борьба с большевизмом.
Организационное оформление партии «Алаш» произошло на I Всеказахском съезде, который проходил летом 1917 г. в Оренбурге. На II Всеказахском съезде с 5 по 13 декабря 1917 г. обсуждалась политическая и экономическая обстановка в районах компактного проживания казахов, сложившаяся после падения в России власти Временного правительства. и «меры по спасению казахского народа от произвола советской власти и анархии». В целях предотвращения беспорядков в районах компактного проживания казахов Всеказахский съезд постановил объявить национальную автономию казахских областей под названием Автономия Алаш, а также создать Временный всеказахский народный совет Алаш-Орды (казахское правительство). Председателем правительства был избран Букейханов. обладавший авторитетом не только среди казахской интеллигенции, но и среди простого населения. Съезд принял решение об организации борьбы за создание национальной автономии, для чего постановил немедленно приступить к формированию вооруженных отрядов[181]
.