Начальником личной охраны Столыпина в 1906–1911 гг. был ротмистр Отдельного корпуса жандармов К. К. Дексбах; врыв на даче произошел в тот момент, когда он был во временном отпуске по решению самого председателя Совета министров. Дексбах не только отвечал за охрану Столыпина и его семьи, но и следил за находившимся при министре штатом служащих и порядком на Аптекарском острове, сопровождал Столыпина при служебных и частных поездках и прогулках, составлял маршруты поездок, выбирал способ передвижения и отдавал указания лицам, принимавшим участие в охране. Следует особо отметить, что попытки совершить покушение на премьера в 1906–1910 гг. не удались и по той причине, что Петр Аркадьевич беспрекословно выполнял все требования Дексбаха и считался с его мнением при планировании мероприятий.
Столыпин ежедневно добирался до Петергофа, где проживал государь, водным путем – сначала на катере по Неве, затем на яхте по заливу. Боевики намеревались забросать катер премьера бомбами с Дворцового или Николаевского мостов, но оба моста усиленно охранялись. Нападение на Столыпина при выходе из Зимнего дворца также представлялось трудным по исполнению. Один из лидеров Боевой организации Б. В. Савинков вспоминал, что бомбисты должны были поджидать выхода премьера именно в тех местах, где была сосредоточена охрана: на Дворцовой набережной, на Мойке, на Миллионной, и было маловероятно, что их не заметит охрана; но даже если террористам удалось бы обмануть бдительность агентов, нападение вряд ли увенчалось успехом: Столыпин выходил из подъезда дворца и сразу спускался к катеру; при первом же выстреле он мог вернуться обратно в подъезд и скрыться в Зимнем дворце. Помешать этому террористы не могли.
Осуществлявшая наблюдение за Зимним дворцом В. Попова впоследствии также писала о серьезных мерах безопасности при отъездах Столыпина из дворца. Сыщики на Дворцовой площади внимательно оглядывали каждого прохожего. У первого подъезда от Адмиралтейства, вплотную к дверям, стояла карета, и увидеть, кто в нее входит, было невозможно. В стороне, выходящей к Миллионной, к самому подъезду подавался закрытый автомобиль. И автомобиль, и карета быстро отъезжали (одновременно или сразу друг за другом), соответственно, понять, кто находится внутри, также не предоставлялось возможным.
Если премьер следовал пожеланиям охраны, то государь, напротив, доставлял охране немало хлопот. Несомненно, он понимал значение службы безопасности, но не всегда прислушивался к мнению специалистов. Произвольно изменяя маршрут прогулок, не ставя в известность начальника Дворцовой полиции, Николай II неоднократно создавал ситуации, которые можно было бы назвать «мечта террористов». Наибольшим вниманием из охранных структур государь удостаивал военнослужащих Конвоя и Сводно-гвардейского батальона. Будучи человеком военным, Николай, как и большинство офицеров того времени, относился к сотрудникам специальных служб с известной долей пренебрежения. А как показывает история охранного дела, взаимоотношение сотрудников службы безопасности со своими подопечными (особенно высокопоставленными) – один из важнейших факторов в организации его охраны.
В 1905 г., когда политические волнения только начинались, барон Фредерикс заметил, что государь выезжает верхом в сопровождении только одного казака, и попросил его брать с собой хотя бы дежурного флигель-адъютанта. Николай на это выразил неудовольствие, сказав, что в присутствии «посторонних» пропадет вся прелесть прогулки. Фрейлина императрицы баронесса С. К. Бухсгевден впоследствии вспоминала, что государь всегда противился элементарным мерам безопасности. Однажды, возвращаясь в Царское Село из Петербурга, он заметил, что между прутьями решетки, огораживающей парк, натянута сетка с колючей проволокой, и потребовал убрать ее. Его приказание было выполнено, но Николаю пришлось смириться с присутствием сыщиков вблизи дворца (одетых в штатское, но всегда выдававших себя новыми перчатками, зонтиками и калошами), хотя они всегда раздражали его.
Государь был уверен в надежности и преданности Конвоя. Однако летом 1906 г. членам Центрального боевого отряда Партии социалистов-революционеров (эсеров) под руководством Л. И. Зильберберга через сына начальника дворцовой почтовой конторы в Новом Петергофе В. А. Наумова удалось установить контакт с казаком Ратимовым. Наумов снабжал Ратимова эсеровскими прокламациями и беседовал на политические темы. Тем не менее, получив предложение убить генерала Д. Ф. Трепова с помощью бомбы с часовым механизмом, Ратимов сообщил о Наумове по команде. Трепов, поручивший А. И. Спиридовичу расследовать обстоятельства этого дела, скончался в сентябре 1906 г. После его смерти дворцовым комендантом был назначен В. А. Дедюлин, который возглавлял охрану императора в течение семи лет.