В это же время в Каунасе был запеленгован выход в эфир нелегальной радиостанции с позывным «Йфа». Передача велась на г. Штеттин, где в то время располагался ACT «Штеттин». Этот разведорган был организован для обучения разведчиков-диверсантов и радистов и их последующей заброски на территории Прибалтики и Белоруссии. В процессе обучения (до 6 месяцев) агенты изучали разведывательное дело, структуру, строение, вооружение и снаряжение Красной Армии, географию СССР, топографию, радиодело, шифры, тайнопись, фото- и подрывное дело, обучались методам ведения бактериологической войны, — забрасываемой агентуре ставились задачи по созданию в советском тылу сети нелегальных радиостанций для связи в военное время, установке ориентиров для немецких бомбардировщиков, подготовке кадров сигнальщиков и опорных баз для приема десантов. Для связи с «Альма матер» агенты снабжались портативными радиостанциями. Первая заброска была произведена в феврале 1941 г. В мае 1941 г. радист и три агента были арестованы. Один из них, бывший лейтенант литовской армии Друктейнис Эдмунтас, показал:
Органами Госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями «Диверсанты» и «Гвардия». В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА. Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.
О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения «Бранденбург-800»:
«Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам * не доведен. Они получают общие указания по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев —
По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы».
С первых же минут немецкого вторжения в СССР вступило в действие литовское подполье. Его группы, вооруженные лишь легким оружием, нападали на отдельные подразделения РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию.
С первых минут войны излюбленной мишенью литовских коллаборационистов стало еврейское население.