После того как Литва была полностью оккупирована, разрозненные повстанческие группы были реорганизованы в 24 стрелковых (из них 1 кавалерийский) батальона самообороны (впоследствии переведены в разряд «Шуцманшафтбатальонов»), численностью 500–600 человек каждый. Батальоны имели в своем составе немецкие группы связи из офицера и 5–6 унтер-офицеров. Вооружение этих подразделений было советского или германского производства. Общая численность военнослужащих этих формирований достигала 13 тыс., из них 250 были офицерами. В районе Каунаса все литовские полицейские группы были объединены в батальон «Каунас» в составе 7 рот. Вместе с немецкими частями он вел борьбу против партизан.
Эти организационные мероприятия не были согласованы с А. Гитлером, до конца войны не желавшем слышать ни о каких воинских соединениях из числа уроженцев Прибалтики. В 1946 г. на судебном процессе над немецкими преступниками в Риге один из подсудимых, обергруппенфюрер СС, генерал полиции Еккельн, показал:
Багальоны принимали участие в карательных акциях на территории Литвы, Белоруссии и Украины.
Гнусно прославленный 2-й литовский шумабатальон под командованием майора Антанаса Импулявичюса был организован в 1941 г. в г. Каунасе и дислоцировался в его пригороде — Шенцах. 6 октября 1941 г. в 5 часов утра батальон в составе 23 офицеров и 464 рядовых отбыл из Каунаса в Белоруссию в район Минска, Борисова и Слуцка для борьбы с советскими партизанами. С прибытием в Минск батальон перешел в подчинение 11-го полицейского резервного батальона майора Лехтгаллера. В марте 1942 г. батальон выбыл в Польшу, и его личный состав использовался в качестве охраны концлагеря Майданек. В апреле 1942 г. батальон был официально расформирован, его личный состав распределен по охранным частям СС в районе Люблина, лагерям военнопленных, часть батальонцев поступила на курсы подготовки охранников концлагерей в Травниках. Впоследствии примерно 350 человек принимали участие в ликвидации Варшавского гетто.
Белорусский историк М. Литвин утверждает, что в феврале-марте 1943 г. 2-й литовский батальон участвовал в проведении крупной антипартизанской акции «Зимнее волшебство» на границе Латвии и Беларуси, взаимодействуя с несколькими латышскими и 50-м украинским шуцманшафтбатальонами. По окончании операции литовцы и украинцы возвратились в Вильнюс.
Из Белоруссии приходила в Литву информация о том, чем занимается батальон: «2-му батальону вспомогательной полиции было поручено расстреливать привезенных из Белоруссии и Польши евреев, русских, коммунистов и военнопленных Красной Армии. По полученным сведениям они уже расстреляли свыше 46 тысяч человек и повесили свыше 10 человек. Все эти экзекуции фильмируются, а особенно массовым путем фильмовалось вешание, фильмовались только литовские подразделения — немцы в это время отступают в сторону…».
Дневник действий батальона в Белоруссии также рассказывает о том, чем занимались литовские вояки:
«14.10.1941 г. — произведена облава против евреев, коммунистов и враждебных Германии элементов в м. Смиловичи. Уничтожено 1300 человек.
15-16.10.1941 г. — производилось усмирение в окрестностях Логойска. В Логойске расстреляно 6 партизан и 1 коммунист. В Плещеницах — 52 еврея и 2 партизана, в Сухой Горе — один человек, скрывавший у себя боеприпасы. В это время две роты литовской охранной полиции под командованием немецкого офицера произвели облаву в лагере для гражданских арестованных в Минске. Ликвидировано 625 коммунистов.