Из донесения командира айнзатцгруппы А бригаденфюрера СС В. Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и в Прибалтике становится ясным механизм раскрутки еврейских погромов руками литовских коллаборационистов. На языке вышеупомянутого карателя это называлось «возбуждением действий по самоочищению». С истинно тевтонской коварностью немцы не стали напрямую приказывать литовцам произвести погром, все было обставлено иначе:
Местом массовых экзекуций евреев гитлеровцами и их литовскими пособниками были избраны форты Каунаса, а также специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри), где только за один день в апреле 1943 г. было уничтожено два эшелона советских граждан в количестве около 5 тыс. человек. В понеряйских расстрелах принимал активное участие литовский батальон под общим руководством сотрудников Гестапо. В девятом каунасском форте было расстреляно 80 тыс. человек, в шестом — 35 тыс., в седьмом — 8 тыс. В октябре 1941 г. немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тыс. человек евреев и уничтожили их.
Штандартенфюрер СС Егер докладывал в своем отчете от 1 декабря 1941 г.:
Провоцируя литовское население к расправе над евреями и коммунистами, немецкие спецслужбы собирали компрометирующие литовцев материалы, которые впоследствии могли быть использованы против националистов, в случае если они станут выдвигать перед оккупантами политические требования.
Органами СМЕРШа 3-го Белорусского фронта после освобождения в 1944 г. Литвы было установлено, что практически все еврейское население Литвы было уничтожено гитлеровцами и их литовскими пособниками.
24 июня 1941 г. в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре ее переименуют в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом. Тогда же началось формирование «Батальонов охраны национального труда» (
В первые же дни была образована литовская полиция безопасности, начальником которой стал бывший литовский полицейский Денаускас, а также 40 бывших служащих литовской полиции, большинство из которых было выпущено из тюрем. Сходным образом была создана литовская полиция в Вильнюсе и Шяуляе. В местах проживания польского населения была создана польская вспомогательная полиция, но из-за вражды между поляками и литовцами последние могли производить аресты только под немецкой охраной. Вскоре польскую полицию распустили.