В 1414 году Иоанн XXIII созывает общий собор в Констанце, куда приглашают и Яна Гуса. Гус поехал так охотно – чтобы постоять за правду, – что не дождался даже обещанной ему императором охранной грамоты. Вацлав IV и будущий король Чехии Сигизмунд (1419–1437) дали ему в провожатые трех чешских дворян, которые для Гуса делали все, что было в их силах. Гус прибыл в Констанц 3 ноября, а два дня спустя получил и охранную грамоту на свободный проезд и проживание, которая, впрочем, имела характер паспорта и не могла служить ему обеспечением против осуждения со стороны собора. Одновременно с Гусом прибыли из Чехии его обвинители: бывший друг Палеч и Михаил с прозвищем de Causis. Самого императора в Констанце еще не было. Констансткий собор поставил себе три задачи: уничтожение ереси, устранение раскола в папстве и исправление церкви. Папская партия поспешила выставить вперед дело веры; уже 28 ноября Гус был призван к допросу перед папой и кардиналами и после непродолжительного диспута между ним и его противниками был тут же арестован и взят под стражу, несмотря на протест сопровождавших его чешских вельмож, ссылавшихся на охранную грамоту, несмотря на негодование прибывшего впоследствии императора и неоднократное требование чешских чинов освободить Гуса.
Гус содержался в крайне плохих условиях, страдая от многочисленных болей. Но в течение всего своего заключения много писал, объясняя свою позицию по отношению к Богу и церкви.
В заседании 4 мая 1415 года собор осудил учение Уиклифа, а потом обратился к Гусу. По его делу следственная комиссия выставила целый ряд обвинительных статей, частью на основании его сочинений, частью же на основании показаний прибывших из Чехии свидетелей. Эти обвинения рассматривались в заседаниях 7–8 июня 1415 года. Одно из главных обвинений было ложное – будто бы Гус усвоил себе учение Уиклифа об евхаристии. Гусу также ставилось в вину, что он утверждал, будто папа или священник, обретающиеся в смертном грехе, не могут совершать таинств. Гус ответил, что он утверждал это с прибавлением слов: «достойным образом». Ему возразили, что в его сочинениях нет этой оговорки; но после оказалось, что Гус был прав. Из обвинений, направленных лично против Гуса, самым главным было то, что он не явился в Рим на вызов папы (хотя послал ходатаев) и что он от суда папы апеллировал к Христу. С точки зрения Гуса, выставленные против него обвинения либо основывались на неверном понимании его слов, либо касались таких его мнений, от которых он не отказывался, но не признавал еретическими заблуждениями. Собор требовал от Гуса отречения от всех указанных в обвинительных статьях заблуждений. Гус от заведомо ложных обвинений считал себя не вправе отрекаться, так как этим признал то, чего никогда не утверждал. Допрос приближался к концу; многие желали пощадить Гуса или избегнуть соблазна осуждения и сожжения еретика, которое могло вызвать большое неудовольствие со стороны чехов, стоявших за Гуса. Со всех сторон уговаривали Гуса отречься. Один из членов собора сказал Гусу: «если бы собор потребовал, чтобы я признал, что я одноглазый, хотя у меня оба глаза, я бы повиновался». Но Гус просил ради Господа не налагать на него «петли вечного осуждения, принуждая его солгать и поступить против совести». Между этими двумя принципами слепого повиновения авторитету и следования голосу совести сделка была невозможна. Бледного и изнуренного от зубной боли и бессонной ночи Гуса увели. Участь его была решена. Но еще целый месяц собор медлил, и продолжались попытки уговорить Гуса отречься. В этот мучительный месяц, со смертью на костре перед глазами, среди озлобленных противников, наступавших с требованиями и угрозами, и доброжелателей, смущавших его покой своими попытками убедить его – сам Палеч приходил в тюрьму и плакал с своим прежним другом, – Гус является во всем блеск своей мягкой и геройской души. Когда всё оказалось безуспешным, 6 июля, на XV заседании собора, Гусу прочли приговор осуждения, причем к прежним неверным статьям обвинения было, между прочим, прибавлено совершенно нелепое, будто Гус признавал себя четвертою ипостасью. За этим последовало лишение Гуса священнического сана и выдача осужденного еретика светской власти, уже ранее сделавшей все приготовления для казни. И на пути к костру продолжались попытки уговорить Гуса. В момент, когда должны были зажечь костер, имперский маршал в последний раз повторил свое предложение отречься ради спасения жизни – и Гус ответил: «От каких же заблуждений мне отречься, когда я никаких не признаю за собой. Призываю Господа в свидетели, что не учил и не проповедовал того, что показали на меня лжесвидетели; главною целью моей проповеди и всех моих сочинений было отвратить людей от греха. И в этой истине, которую я проповедовал согласно с евангелием Иисуса Христа и толкованием святых учителей (докторов), я сегодня радостно хочу умереть».
Ян Гус был сожжен 6 июля 1415 года.