Хотя сам новоявленный султан не сумел добиться сразу полного успеха, ибо ориентировавшаяся на индуизм часть малайской торгово-политической верхушки была в то время еще достаточно сильна, с середины XV века ислам в Малайе уже прочно закрепился. Именно с помощью исламских политических и социальных институтов Малаккский султанат превратился в крепкое централизованное государство с верховной властью правителя, осуществлявшего — как то бывало свойственно всем исламским политическим структурам — строгий верховный контроль и над земельными отношениями, и в сфере политической администрации, и в торговле.
Существенно заметить, что хотя мусульмане проникали на острова Индонезии задолго до возникновения Малаккского султаната, только после победы ислама в Малайе и появления сильной исламской державы в районе Малаккского пролива мусульмане стали одерживать победу за победой и в Индонезии. В частности, этому способствовала миграция малайцев-мусульман на Калимантан, в области Саравак и Сабах — те самые, которые уже в наше время вошли, далеко не случайно, в состав Малайзии.
На протяжении XV века ислам активно вытеснял остатки индуизма и буддизма в сфере малайской культуры, что привело здесь, в частности, к замене индийской письменности арабо-персидской и к упадку храмовых сооружений индобуддийского происхождения. В то же время исламизация способствовала выходу на передний план собственно малайского языка, превращению его в литературный.
Малаккский султанат прекратил свое существование в 1511 году под натиском португальцев, разбивших армию султана и превративших его столицу Малакку в свою торговую факторию, где португальские купцы господствовали вплоть до середины XVII века. Крушение султаната не привело, однако, к гибели исламской государственности. На месте одного султаната возникло сразу несколько меньших по размеру, каждый из которых проводил собственную политику, противостоял натиску португальских, а затем и голландских колонизаторов либо в чем-то сотрудничал с ними. Правда, децентрализация привела к ослаблению власти султанов, что и было целью колонизаторов. Да и в рамках небольших султанатов колонизаторы активно содействовали сепаратизму правителей областей, нередко превращавшихся в самовластных наследственных князьков. Но, несмотря на все это, со временем некоторым из султанатов, и прежде всего южномалайскому Джохору, удалось заметно усилиться. В середине XVII века султаны Джохора использовали благоприятную внешнеполитическую ситуацию и, вступив в союз с голландцами, изгнали португальцев из Малайи.
Впрочем, на месте португальцев в Малакке тут же прочно закрепились голландцы. Но при этом резко вырос престиж Джохора, что способствовало превращению его в крупнейшее государство полуострова. Почти весь XVIII век прошел в ожесточенном соперничестве джохорских султанов с голландцами, которые в конце концов взяли верх, а Джохор, как некогда Малаккский султанат, распался на мелкие султанаты.
Однако эта победа не принесла голландцам удачи. Английская Ост-Индская компания подкупила некоторых султанов, и вскоре выяснилось, что развал Джохора был выгоден именно ей. В 1795 году англичане заняли Малакку, вытеснив оттуда голландцев, а затем, в начале XIX века, один за другим прибрали к рукам важнейшие малайские султанаты. Захват в 1819 году Сингапура окончательно закрепил ведущие позиции Англии в Малайе, фактически превратившейся в английскую колонию, с чем, подписав Лондонский договор 1824 года, согласилась и Голландия. В результате контроль над морским путем через Малаккский пролив оказался у англичан.
Ранние протогосударства в Индонезии появились, как и практически во всей Юго-Восточной Азии, примерно на рубеже нашей эры, может быть, чуть позже, чем на континенте, в IV–V веках. Это были индуистское Тарума и буддистское Калинга на Яве, буддистское Гэин на Суматре, индуистское Варунадвипа на Калимантане. И названия, и религиозно-культурная ориентация ранних индонезийских государств, даже локализация их преимущественно в западных районах архипелага — убедительное свидетельство той огромной роли внешних влияний в процессе их генезиса, о которой уже не раз говорилось применительно ко всей Юго-Восточной Азии. В отдельных случаях древние надписи фиксируют даже существование в ранних индонезийских государствах каст по индийскому стандарту. А правитель Тарумы сопоставлялся в текстах с индийским Вишну.
Структурно эти государства были однотипны. Существовали верховный правитель-вождь, его наместники и помощники, а также производители-общинники, платившие ренту-налог в казну. Возможно, что некоторые из государственных образований были типологически близки малайским городам-государствам, возникавшим вокруг торговых портов. В идеологии и культуре господствовали индуизм, преимущественно в шиваистской форме, хотя встречались и вишнуисты, и буддисты. Преобладала санскритская письменность. Индо-буддийским было монументальное храмовое искусство с соответствующей архитектурой и скульптурой.