Исторически наиболее развитыми и ранее других достигшими уровня цивилизации и государственности были тесно связанные между собой Суматра и Ява, географически представлявшие как бы единую узкую полосу островов, тянущихся с северо-запада на юго-восток. Первым крупным государством на Суматре была Шривиджайя, просуществовавшая с VII по XIII век. В пору своего расцвета власть правителей Шривиджайи простиралась не только на всю Суматру, но также и на часть соседних мелких островов, а временами и на часть Малакки. Шривиджайя была признанным центром мировой торговли, и именно через нее в островной мир Индонезии активно проникал буддизм. Впрочем, стоит заметить, что в самой Шривиджайе правители были достаточно равнодушны к буддизму: во всяком случае, там не обнаружено остатков таких величественных буддийских храмов и иных строений, как на Яве.
Яванское государство Матарам, основатель которого Санджайя был индуистом-шиваитом, возникло в VIII веке, но уже при внуке Санджайи, основавшем династию Шайлендров, религиозная ориентация государства изменилась. Яванские Шайлендры стали активно поддерживать буддизм махаянистского толка, свидетельством чего является величественный храмовый комплекс Боробудур. Возможно, буддийская ориентация Шайлендров сыграла определенную роль в том, что в начале IX века один из представителей этой династии с помощью династического брака стал правителем Шривиджайи и основателем там той же династии Шайлендров — факт, внесший немалую путаницу в историю индонезийских государств. Что же касается Матарама, то это яванское государство было типично восточным по своей внутренней организации. Землей в нем распоряжался сам правитель, административный аппарат состоял из служивших ему чиновников. Общинные крестьяне вносили в казну ренту-налог, за счет редистрибуции которой содержались знать, воины, чиновники, духовенство. Важную роль в Матараме играли торговые города-порты и вообще торговля и торговые операции.
Матарамские Шайлендры сошли с исторической арены в XI веке, уступив место государству, созданному одним из приближенных последнего правителя — его зятем Эрлангти, который восстановил на Яве приоритет шиваизма, но не преследовал буддистов, а, напротив, стремился создать некий синтез обеих религий. Государство Эрлангти подчинило себе почти всю Яву и являло собой строго централизованную организацию с хорошо налаженной чиновной администрацией, развитыми ремеслом и торговлей. Оно заботилось о поддержании в порядке ирригационной сети и упорядочило налогообложение. Размер ренты-налога составлял примерно десятую долю урожая.
После Эрлангти созданное им государство распалось, но вскоре один из его наследников сумел усилиться в княжестве Кедири, которое стало едва ли не сильнейшим на Яве в XII веке. В начале XIII века правитель Кедири пал жертвой заговора, а в последовавшей за тем династической борьбе победителем вышел Кертанагара, который затем сумел объединить яванские земли и противостоять нашествию монголов. Впрочем, предотвратить само нашествие он не смог, и уже после появления монголов на Яве, когда Кертанагара пал жертвой очередного заговора, его наследник Виджайя сумел ловко использовать монгольские отряды для победы над соперниками, после чего уничтожил часть их, а остальных вынудил убраться восвояси.
Виджайя создал новое государство Маджапахит (1293–1520) и стал его первым правителем. С этого времени Ява становится центром политического могущества Индонезии.
Справедливости ради стоит заметить, что эта тенденция начала проявлять себя еще в XIII веке, когда стала слабеть суматранская Шривиджайя. Удары со стороны южноиндийского государства Чолов подорвали ее могущество еще в XI веке, а в конце XII века ряд суматранских княжеств, бывших до того вассалами Шривиджайи, добились самостоятельности, как, например, Джамби. В XIII веке под ударами с севера, со стороны Сукотаи, и с востока, со стороны яванского правителя Кертанагары, Шривиджайя распалась. В этих условиях значительная часть ее наследства на Суматре и попала под власть яванского Маджапахита.
Маджапахит был крупнейшим государством в истории Индонезии. Хотя некоторые специалисты сомневаются подчас в том, что его правители реально контролировали все те земли, которые считали своими вассалами, факт остается фактом: владения Маджапахита распространялись на всю Яву, Суматру, Калимантан, даже Сулавеси, а также на многочисленные мелкие острова архипелага. Наивысшего развития это государство достигло в те годы, когда им управлял всесильный первый министр Гаджа Мада (20 — 60-е годы XIV века). Этот выдающийся политический деятель не только много сделал для собирания земель, но и умело управлял обширной и весьма разнородной империей, как Маджапахит иногда именуют.