Что касается колониальных держав, то господство португальцев в Индонезии, как и в Малайе, длилось недолго. В начале XVII века на Яве уже достаточно прочно обосновались голландцы и англичане. Их соперничество завершилось в пользу голландской Ост-Индской компании. Голландцы в середине XVII века укрепились на Яве, заставив считаться с собой занимавший в основном внутренние районы центральной части Явы султанат Матарам (его обычно называют Матарамом «поздним», чтобы не путать со средневековым государством, существовавшим на Яве в 732—1043 годах). Лавируя между Бантамом и Матарамом, голландцы в конечном счете подчинили себе оба султаната и в XVIII веке продолжили дальнейшее освоение островов Индонезии, внедряя выгодную для себя систему монокультур.
На рубеже XVIII и XIX веков голландская Ост-Индская компания была ликвидирована и все ее владения перешли к Голландии как государству. Начался новый этап колониального господства, в ходе которого голландцам пришлось выдержать энергичный натиск со стороны англичан. Лондонский договор 1824 года, разделивший сферы влияния Англии и Голландии, закрепил Индонезию за голландцами, которые стали полными хозяевами архипелага. Привлекая на свою сторону правящую верхушку местных султанатов и жестоко подавляя вспыхивавшие восстания, они энергично вводили на островах архипелага нужные им культуры (кофе, табак, индиго и др.), которыми занимали приблизительно пятую часть возделываемых земель и покупались у крестьян по заниженным ценам.
Жестокие методы эксплуатации привели население Индонезии в состояние полной нищеты. При этом Голландская Индия была практически лишена тех пусть небольших, но все же важных для развития страны промышленных нововведений, которые реализовывались в других колониальных странах, в частности в Британской Индии.
Географически Филиппинский архипелаг — это часть все того же островного мира Юго-Восточной Азии, но, будучи восточной и исторически периферийной его частью, он развивался более медленными темпами: к моменту вторжения испанцев на Филиппины в XVI веке только небольшая часть населения островов начала переходить от первобытности к ранним государственным образованиям.
Население Филиппин в принципе комплектовалось из тех же компонентов, что и остальной островной мир: на древний негро-австралоидный субстрат во II–I тысячелетиях до н. э. волнами наслаивались аустронезийцы южномонголоидного типа. Но набегали эти волны не сушей через Малайю, как то было на западе, а морем, порой через Тайвань, причем все из того же Южного Китая. С рубежа нашей эры, когда Малайя и Индонезия в ее западной части были уже индианизированы, индо-буддийская культура стала понемногу проникать и на восток, в том числе и на Филиппины. Связи с буддийской Шривиджайей, а позже с индуистской культурой Маджапахита сыграли определенную роль в развитии местного населения, но больших результатов на дали.
Большее значение в этом смысле имела новая китайская миграция в конце I тысячелетия. Это были уже не южнокитайские племена юэ, которые тысячелетием-двумя ранее сыграли роль одного из компонентов при формировании местного населения, а жители высокоразвитой империи, несшие с собой многогранную и яркую культуру. Археологические данные, в частности, свидетельствуют о том, что в начале нашего тысячелетия материальная и духовная культура жителей Филиппин находилась под сильным влиянием как Индии, так и Китая. С XIV века через южные острова сюда стал проникать ислам, и это способствовало появлению на Филиппинах первых очагов государственности.
Наблюдения испанцев в XVI веке позволяют, хотя и фрагментарно, проследить этот процесс. На островах существовали общины, власть в которых принадлежала старейшинам. Община среднего размера состояла из 30— 100 семей, но были и очень крупные, куда входило до 2 тысяч семей. Наиболее развитые общины вели локальные войны с соседями, причем в случае удачи вчерашний общинный старейшина становился правителем надобщинного протогосударства. Вожди такого рода вначале именовались преимущественно индийскими терминами — чаще всего раджа, иногда — дато. Терминология в данном случае является индикатором влияний.
В XV и начале XVI века, когда португальцы изгнали из Малакки султана, его родню и приближенных, часть их мигрировала на восток и достигла Филиппин. В результате на юге архипелага население начало быстро исламизироваться, а первые государственные образования приняли форму султанатов, что было обычным для всего островного мира. По характеру ранние султанаты были еще очень примитивными: вокруг вождя (султана), выборного либо наследственного, группировались социальные верхи, которые жили за счет дохода с общин и труда разных зависимых категорий людей, из числа как пленных и чужаков, так и разорившихся общинников. Эта форма социально-политической организации в 1433 году была зафиксирована в судебнике, определявшем наказания за различные проступки в зависимости от социального статуса человека.